购、委托理财、次级贷款转让、资产证券化以及因其他金融衍生工具而产生的纠纷，基金清盘案件以及权证持有人诉讼等案件。在保险合同纠纷案件方面，对消费贷款保证保险的性质界定问题，对《道路交通安全法》第七十六条的理解问题，这两个问题是保险法适用的两个主要难点。在票据纠纷案件方面，票据无因性原则、文义性原则、禁止转让票据问题，票据保证相关法律规定的理解与适用问题等。
第三，在破产法领域。包括：破产原因的认定标准和破产案件的受理条件问题；对债权人、债务人提出破产申请时的举证义务分配问题；对于破产案件立案受理环节的程序性监督问题；无产可破案件的管理人指定及报酬问题。在债务人或债权人提起债权确认之诉时当事人诉讼地位问题；在保证人破产时如何处理债权人利益保护与一般保证人先诉抗辩权的关系问题；重整与清算的冲突问题；重整计划的制定主体与批准条件问题等。债权申报与确认的标准问题在破产案件中比较常见和突出，如人身伤害债权能否优先受偿，税收、社会保险费、罚金、罚款等债权应不应申报以及如何申报的问题。
这些法律问题之所以成为法官审理案件中的疑难问题，原因是多方面的。有些属于立法过程中，因争议过大而搁置，因此产生的立法上的空白；有些属于交易形式创新而导致的立法相对滞后。在现行商事法律规范没有明确规定或者对法律适用有争议的情况下，如何准确理解法律精神，科学妥当地处理商事案件，就成为法官所面临的一个迫切问题。
商法学研究的角度与民法学有着明显的区别。民法理论高度体系化、重视逻辑推演；而商法的产生本身就源于对商事交易惯例的认可，因此，商法学研究也更加注重解决市场交易中的实际问题。由此形成了商法学具有一个重要的特点，就是其所具有的非常强的实践性，在注重基础性研究的同时，必须关注实践，特别是司法实践。因为，司法审判活动是商法实践的一个非常重要的方面，司法审判对于相关纠纷的处理，往往对商法规范的实施产生着重要的引导作用。
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