《司法鉴定重大事项报告制度》，要求司法鉴定机构在执业过程中遇到重新司法鉴定意见与原司法鉴定意见差异较大的、受理非正常死亡事件中死亡原因司法鉴定的、涉及重大信访事件的司法鉴定等情况，应当及时报告所在地的市司法行政部门；并且明确司法鉴定机构负责人是本机构重大事项报告的第一责任人，同时要求各市司法行政部门要加强对司法鉴定机构的指导，做好重大事项报告及处理工作。2012年省司法厅共接到司法鉴定重大事项报告10件。
上述制度设立的直接价值是，可以帮助司法机关采用准确、适宜的司法鉴定意见，使得当事人口服心服，有效解决当事人投诉。从长远来看，对司法鉴定主体产生巨大的约束力，限制其鉴定行为的随意性，促进其主动提升司法鉴定业务能力。也可以缓解鉴定人与当事人之间的矛盾，真正减少当事人投诉。统计表明，浙江省2009年司法鉴定投诉100件，到2011年只有18件，2012年降到17件，司法鉴定案件量持续递增，而当事人投诉却大幅度下降，全省司法鉴定公信力不断提高。
3.受理鉴定，双方到场
目前，我国司法鉴定案件受理遵循当事入主义，通常司法鉴定机构因检验、检查的需要直接接触见面的是被鉴定人，被鉴定人可以成为启动司法鉴定的主体，在法医|临床学鉴定中此类情况比较普遍。这样被鉴定人与司法鉴定机构之间形成了具有“合同”性质的法律关系，虽然没有以最终鉴定意见作为合同要约，但从形式上确实产生了鉴定结果的满意度与“合同”履行及服务收费之间的对应关系。鉴定结果满意，缴纳鉴定费用，“合同”可以完整履行，被鉴定人与鉴定人基于各自的目的，就存在暗箱操作的可能。这样的当事入主义实质上遵循的是单方当事人主义，无形中侵犯了没有参与司法鉴定的另一方当事人的利益，也是重复鉴定、多头鉴定的原因之一。
2010年浙江省司法厅出台了《浙江省司法鉴定机构受理鉴定委托规则》，该规则第11条规定，“当事人委托司法鉴定的，司法鉴定机构应当告知委托人通知或直接通知对方当事人在进行司法鉴定时到场；经办案机关同意委托司法鉴定的，司法鉴定机构应当申请办案机关通知对方当事人到场。对方当事人经通知不到场或无法通知的，司法鉴定机构应当在司法鉴定文书中载明。”同时还就可能涉及刑事诉讼的伤害案件，要求公检法同意或直接委托，即该规则第6条规定。
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