我国虽是单一制国家，但因中央政府允许香港、澳门回归后保留其原有的法律制度，在客观上已经形成了内地、香港、澳门三大法域，从而令政府之间的合作也存在两种性质：一种是同一法域内地方政府之间进行的区域合作；另一种是不同法域的地方政府之间进行的区际合作。
其中，区际合作又表现为以法域为单位的整个中国内地与香港或澳门特别行政区之间的双边合作，如CEPA协议建立的合作关系；中国内地法域中的多个地区与香港和澳门两个不同法域建立的多边合作，如《泛珠三角区域合作框架协议》建立的“9+2”合作关系；以及中国内地法域中的单个地区与香港或澳门之间的双边合作，如《粤港合作框架协议》建立的广东省与香港之间的深度合作关系。随着2010年6月29日两岸签署《两岸经济合作框架协定》（以下简称ECFA），我国主权范围内的区际政府间合作呈现出更加多样化的合作形式。此外，由于香港、澳门和台湾地区都是世贸组织的成员，内地（中国大陆地区）与上述地区缔结的与贸易相关的协议同时还要受世贸组织规则的约束，具有国际法上的约束力。
需要强调的是，即使在国内法上，内地（中国大陆地区）与香港、澳门甚至台湾地区缔结的政府间合作协议也因这些地区的高度自治性而与传统的区际合作协议有所不同，且台湾地区目前的法律地位与香港、澳门还不完全相同，其与中国大陆地区缔结的ECFA协议在性质上与CEPA协议也有所不同。我国目前已经形成的形式多样、性质各异的政府间合作协定在世界各国中难得一见，这主要是由我国的特殊国情决定的，但中国政府在解决历史遗留问题中所进行的制度创新更是造成这一现象的非常重要的原因。
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