在我国，代办股份转让系统是独立于证券交易所之外的一个系统，是我国三板市场的雏形，指证券公司以其自有或租用的业务设施，为非上市股份公司提供股份转让服务。该市场是全国性非上市公众公司股权交易市场，最初是为了解决STAQ、NET系统（简称“两网”系统）的法人股公司和退市公司的股权转让问题。2001年6月12日经中国证监会批准，中国证券业协会发布《证券公司代办股份转让服务业务试点办法》，代办股份转让工作正式启动。其主要目的是解决高科技企业原始投资的退出通道问题，为主板和中小企业板培养上市资源。2001年7月16日，杭州大自然公司、长白股份在原SATQ系统挂牌交易的流通法人股开始通过申银万国等证券公司进行转让，从而拉开了券商代办股份转让的序幕。国务院《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020年）》及配套政策中提到，启动中关村科技园区未上市高新技术企业进入证券公司代办系统进行股份转让试点工作。这一明确定位使未上市高科技企业进入代办系统进行股份转让取得了合法身份。国务院旨在以此试点为基础，将试点逐渐推向全国五到六个高新技术产业园区，并和深交所等共同探讨相应的转板安排和衔接机制。
由于进行股份转让的公司不是上市公司，对投资者可能存在着较大的风险。为了保护投资者的利益，防止个别机构、庄家借机炒作，该系统中特意设置了一些限制措施。中国证券业协会制定并发布了相应的规范性文件：《股份转让公司信息披露实施细则》、《关于改进代办股份转让工作的通知》、《证券公司从事代办股份转让主板券商业务资格管理办法（试行）》等。这些文件的主要规定有：股份转让采用定期、非连续方式进行，暂定每周转让三天（公司股东权益为正值或净利润为正值的，股份每周转让五次），以集合竞价的方式集中配对。同时设置了涨跌幅限制：为前一转让日转让价格的5%。在委托方式上，证券公司可以接受投资者的限价委托，但不得接受全权委托，投资者不得进行融券委托和融资委托，代办券商不能自营代办的股份。此外，还设有暂停转让和终止转让的规定。
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