本法在食品卫生法、标准化法实施条例等法律、行政法规的基础上对食品安全国家标准的制定、公布主体作了进一步完善。
1.食品安全国家标准由国务院卫生行政部门负责制定、公布，国务院标准化行政部门提供国家标准编号。本法改变了以往食品卫生国家标准由国务院标准化行政部门和国务院卫生行政部门联合发布的公布方式，更有利于食品安全国家标准的及时发布和责任主体的明确。但是，为了保证国家标准编号的统一和连续，食品安全国家标准的编号仍然由国务院标准化行政部门负责提供。
2.食品中农药残留、兽药残留的限量规定及其检验方法与规程由国务院卫生行政部门、国务院农业行政部门制定。食品中农药残留、兽药残留的含量与食用农产品中农药残留、兽药残留的含量密切相关。国务院卫生行政部门、国务院农业行政部门应当按照各自职责，对食品中农药残留、兽药残留的限量及其检验方法与规程作出规定。
3.屠宰畜、禽的检验规程由国务院有关主管部门会同国务院卫生行政部门制定。除国务院卫生行政部门外，生猪、牛、羊等畜禽的屠宰管理还会涉及国务院商务主管部门、农业行政部门等多个部门的职责。国务院有关主管部门应当按照各自职责，会同国务院卫生行政部门做好屠宰畜、禽检验规程的制定工作。
4.有关产品国家标准涉及食品安全国家标准规定内容的，应当与食品安全国家标准相一致。为此相关部门在制定有关产品国家标准时，应当加强沟通和协调，避免不同国家标准之间的冲突。
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