众所周知，程序法与实体法在法律适用效力、溯及力方面都存在较大的区别，理论与实践中也有程序从新，实体从旧的说法。鉴于国家赔偿法中兼有程序、实体内容，且程序当中又有三个不同环节的具体特点，如何科学地处理好程序内容与实体内容的关系，处理好程序之间此环节与彼环节的前后联系，客观地反映和解决实践中存在的问题，成为《解释》起草中面临的最主要的问题。在起草过程中，对于确定修正的国家赔偿法的溯及力问题，以及修改前后的法律适用问题上，形成了不同的观点。
第一种观点认为，应以侵权行为发生的时间为准，作为划定新旧国家赔偿法之法律衔接的界点。即行为发生在修正的国家赔偿法施行之前的，应适用1994年国家赔偿法；行为发生在修正的国家赔偿法施行之后的，则应适用修正的国家赔偿法。理由是：第一，国家赔偿法是规定国家机关及其工作人员侵权行为造成公民、法人和其他组织合法权益损害应予赔偿的法律，侵权行为是构成国家赔偿责任的最为主要的甚至是起到决定性作用的要件，因此，以行为发生的时间，作为划定新旧法律适用的界点，既有法理依据，也有可操作性。第二，侵权责任法亦是以侵权行为作为划定法律适用的界限，国家赔偿责任是一种特殊的侵权责任，也应遵循侵权责任法的一般原理与适用原则。第三，法不溯及既往是法的溯及力的基本原则，制定相关规定要秉承这一原则。第四，1994年国家赔偿法实施之初，最高人民法院针对溯及力问题作出的《关于（中华人民共和国国家赔偿法）溯及力和人民法院赔偿委员会受案范围问题的批复》规定：“国家机关及其工作人员行使职权时侵犯公民、法人和其他组织合法权益的行为，发生在1994年12月31日以前的，依照以前的有关规定处理。发生在1995年1月1日以后并经依法确认的，适用《国家赔偿法》予以赔偿。发生在1994年12月31日以前，但持续至1995年1月1日以后，并经依法确认的，属于1995年1月1日以后应予赔偿的部分，适用《国家赔偿法》予以赔偿；属于1994年12月31日以前应予赔偿的部分。
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