庚子事变后，李鸿章以直隶总督奉命出任和议大臣，当即奏请朝廷，转调周馥继任直隶布政使一职。在担任四川布政使之前，周馥曾在直隶总督李鸿章属下效力多年，并且出任直隶按察使长达八年之久。不过，李文忠公向朝廷举荐周馥出任直隶布政使一职，却并不仅仅是看重他熟悉当地的风土人情，他在荐疏中除了讲述周馥“前在直久任藩臬，情形极熟”之外，还特别赏识周氏“洋务、军务均有历练”，所谓“洋务”，自然要包括他在四川处理教案的经历。也正因为如此，朝廷且命周馥“先随鸿章入都，理京畿教案”，故周馥协助李鸿章办理教案数月，及至相关涉外教务问题大体安定之后，“始赴保定受布政使印”。周馥自己讲述说庚子事变后与列强和议，其“最急迫繁杂者，莫如京内教案及顺直通省教案”，而实际上竟是完全由他一人独任其事。据记载，当周馥进入保定直隶布政使署履任时，法国士兵尚且盘踞在衙门之内，气焰相当嚣张，“及闻公来，法兵郊迎入署，观其设施无间言，乃徐引去”。当时洋人之棘手与周馥之敏于应付处置，于此可见一斑。
周馥在四川撰述的《安辑民教示》虽然只有寥寥六条，但刊布这一文告所获得的良好功效，以及来到畿辅后处理洋教问题的实际体会，应该是他拟议撰述《教务纪略》的一个重要触动因素。然而，更为直接的原因，是在处理所谓顺直教案的过程当中，周馥还曾“奉旨派议民教永远相安章程”，并为此“屡商各国教士及洋官”，可是，这些洋人却“皆言各国无此章程”，因而纷纷表示“难出意见”，故直至办理完结教案，“迄无端绪”。因洋人不予配合而没有能够实现朝廷这一旨意，周馥显然颇感遗憾，同时也很不甘心，所以，他才会如下文所述，随后即去组织人编著《教务纪略》这样的书籍，以求在一定程度上起到这种“民教永远相安章程”的作用。事实上，也正是这一基本出发点，决定了《教务纪略》一书的性质。
同时，上述这些经历也促使周馥更为关注西洋宗教的状况，并尽可能收集了当时所能找到的所有有关基督教的著述，传教士李提摩太称周氏是“第一个对基督教产生兴趣的清政府高官”。若是对比一下二十馀年前，当曾纪泽在光绪四年奉旨出使英、法两国的时候，友人金和作诗送别，尚且以“羶酪窥文教，将无在此时”这样的诗句，来妄自臆想要用儒家文化去训育开化红毛番夷，便能够更具体地体会到在对待西洋文化方面周馥意识观念进步和开明的一面。
周馥虽然没有在《教务纪略》书中题署自己的姓名，但光绪三十年刻书事竣时撰写的跋文，乃自言“《教务纪略》编次既定”；光绪三十一年增辑重订此书时所附识语，亦谓之日正是由他本人，“遂约同志，纂《教务纪略》一书，刊印流布”；光绪三十一年五月两江学务处在他直接指使下印行此书时，有杨文鼎等撰写跋文叙述刊刻缘起，也记作“两江督宪建德尚书……以前在东省（案指周馥在山东巡抚任上）曾辑刊《教务纪略》一书”。凡此，均足以证明周馥本来一直是将此书视作他自己组织编纂的书籍，而在马其昶为他撰写的碑文里，也是径称《教务纪略》一书为周馥本人的著述。
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