企业在引进瘦客户机系统时，除上述初期投入成本以外，还需投入系统建设费用，数据中心或服务器存放场所费等。如果要附带服务器故障检测及处理功能、OS图形分配功能等有利于系统运用和管理功能时，成本也会相应增加。
在这里，企业不仅要考虑初期投入成本，更应该把瘦客户机作为企业管理系统的一部分，基于整个生命周期的TCO（总所有成本）观点来考虑问题。但瘦客户机的TCO评估也不是唯一的判断标准。因为不同架构体系中的服务器组成均不同，软硬件维护费用也不一样。另外，根据客户的具体业务情况，个人电脑本身的TCO也会有差异。所以不要轻信“瘦客户机的TCO低于个人电脑的TCO”等推销人员的片面之词，而应在确认现有瘦客户机终端使用情况基础上确定最佳瘦客户机系统架构和系统方案。以下为TCO评估时的注意事项：
（1）能否实现服务器的高效管理
通过引进瘦客户机系统，应实现服务器管理和前台工作量的最小化。日本富士市役所就是通过引进瘦客户机系统，实现了对原本设置在市内各办公点的共计1500多台客户终端的四人管理。和个人电脑相比，只要通过引进瘦客户机系统能有效提升运营管理效率，那么，昂贵的初期投入成本就有可能被抵消。
（2）运营成本中应考虑电费
计算运营成本时还应考虑服务器和客户终端的电费成本。服务器通常是一年365天24小时全天运行，通过利用服务器的虚拟化技术，将运行中的虚拟桌面集中到另一个服务器上并自动切断剩余不运行的服务器，以节约用电。和个人电脑相比，使用未安装硬盘等驱动装置的瘦客户机专用终端，还可进一步削减客户终端的电能消耗。当瘦客户机系统规模较大时，其节能效果更加明显。
（3）虚拟桌面的OS授权许可，按设备连接数量为单位计算
引进虚拟PC型瘦客户机系统时，需购买服务器虚拟桌面用Microsoft OS授权许可（Windows Vista则需购买VECD许可）。授权许可根据。Microsoft OS的批量授权许可（VL）和软件升级保障许可（SA）的购入情况存在多种形式。一般情况下包括SA费用在内，每台客户终端收取VECD许可费9000～16000日元。
在这里，VECD指的是按连接至服务器的客户终端为单位分配的授权许可。比如，拟建立一个用户通过3台客户终端登陆同一虚拟桌面系统时，所需的授权许可费相应增加至3倍。
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