在为陆军的运输船队和海军的特攻机群的护航中，三个紫电战斗机飞行队原有的140架左右的紫电战斗机几经补充仍然消耗殆尽。
11月24日，三名紫电战斗机飞行队长中资历最老的白根斐夫少佐（此时）也在为陆军的运输船队提供护航时被击落身亡。
不理想的飞机，惨重的损失令一向以战斗意志顽强而自夸的日本海军航空队的士气都大受打击。菲律宾战役中，曾经出现军官级的飞行员升空作战后故意捏造故障避战的实例。
到1945年初，此时三个飞行队合计能使用的紫电战斗机只剩下了10几架。
1月2日，日本人又获得了一次最大的惊喜。当时，三个紫电战斗机飞行队所剩余的全部13架能用的战斗机都停在起飞线上准备出击。恰在此时，两架美军陆航第310战斗机中队的P-47D战斗机从云缝里穿出，直截了当的向着满载着燃料、弹药的日军机群俯冲而下。16挺.50口径的机枪无情的喷涂着火焰，直到被日军的防空炮火击落才告结束。而在此之前，13架残存的紫电战斗机已经全部化为熊熊燃烧的火球，另有包括4名飞行员在内的多人被当场打死。至此，日本海军唯一的成建制大量装备使用紫电11型战斗机的部队一第341海军航空队事实上已经全军覆没。
1月初，341航空队残存的几架哉斗机以及部分飞行员搭乘的运输机撤往台湾，以后编入了重建后的第343航空队。至此，日本海军的以紫电11型战斗机为主力的空战宣告彻底结束。以后在本土作战中紫电11型主要作为紫电改战斗机的教练机使用。在三个多月的战争生涯中，紫电11型战斗机固然没有给日本飞行员留下什么好印象，同时居然很少有美国飞行员意识到这种新型战斗机的存在。作为曾经被日本海军视为决战利器的新型战斗机，紫电11型的命运也算是悲剧到家了
同样悲剧到家的还有341航空队司令部加上地勤人员以及没能撤走的飞行员。在失去了飞机之后，这些只有军刀和手枪的海军人员只能编入地面部队作战。在吕宋岛的激烈陆战中先后被美军击毙或者饿死。很有趣的是，不知为什么，一直到战败之日，第341航空队的番号仍然留存在日本海军的实力统计表中，也算是对紫电11型悲剧性的战争生涯的一种缅怀吧。
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