北洋军阀系统的元老核心人物徐世昌、冯国璋、段祺瑞都想继承袁世凯的大总统积位，彼此争夺，互不相让，最后这个职位只好让给非北洋军阀系的副总统黎元洪。黎元洪手中无兵权，在段祺瑞的同意下继任中华民国大总统，交换条件是任命段祺瑞为内阁总理。这种政治妥协的结果，使北京中央正府的实权掌握在段祺瑞皖系集团手中。
在黎元洪集团与段祺瑞集团的权力争夺中，双方都极力争取海军对自己一派的支持，纷纷派员插手海军，争夺各艘舰艇，扩大自己的势力。程璧光与黎元洪在清末年间曾共同供职于广东水师，有海军故交情谊，甲午中日海战前，程璧光是广甲兵舰帮带（副舰长），黎元洪是该舰的管轮三副，彼此了解较深。1916年6月国会开会讨论内阁成员时，黎元洪以程璧光长期在海军供职、海军军事造诣极深为由，极力推荐其出任海军总长，把追随袁世凯起家、在北洋政府历届内阁担任海军总长的刘冠雄撤换了下来。黎元洪此举的目的，是借助程璧光的海军总长权力掌握海军舰队，增强自己在北京政府中的实力。在“府院之争”中，黎元洪就曾得到程璧光及海军舰队的有力支持，与段祺瑞相对抗。
在段祺瑞的策划下，北京政府于1917年3月14日宣布与德国绝交，5月1日，以中德绝交后海军防务重要，在上海高昌庙海军轮机处设立海军司令处，并特任萨镇冰为海军临时总司令，负责淞沪等处的海防事宜。海军临时总司令一职的增设，名义上是为了加强海防事务，实际上是借海军上将萨镇冰指挥淞沪各军舰，削弱海军总长程璧光指挥舰队的权力。段祺瑞素掌陆军，但对萨镇冰处事稳健、忠于上级的性格很了解。辛亥武昌起义爆发，驻长江各军舰举事响应时，萨镇冰固守职责，请假脱离军舰，因而辛亥革命后萨氏受到冷遇，只被委任为吴淞商船学校校长。这时在“府院之争”激烈之时段祺瑞起用他为海军临时总司令，委以指挥舰队、负责海防的重任，显然是对程璧光独揽海军大权的一种牵制，也是蓄谋分化海军的一个重要部署。海军临时总司令的增设，为日后海军南北分野种下了根苗。
段祺瑞内阁向众议院提出对德宣战案遭到抵制后，5月19日，他便煽动以皖系军人为骨干的督军团以宪法草案不适合国情为借口，威迫黎元洪解散国会、改制宪法。对军人干扰国会及其提出违法要求，黎元洪曾经不予退让，在反段各派势力和美国驻华公使的支持下。
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