（2）地方政府干预资本流向，以区域长远利益换取行政业绩。改革开放以来，外资已成为地方经济发展资本来源的重要渠道，各个地方为了吸引外资从税收、土地价格等多方面纷纷出台各种特殊优惠政策，扰乱了正常的土地价格市场、置国家利益于不顾，导致了在资本市场中的恶性竞争。究其原因，是长期以来对于地方政府的业绩考核是以GDP和财政收入增长为主要衡量指标，因此各地方在外资引进中的“自我中心”行为，实际上是地方政府为了保障自身的行政业绩，而没有顾及区域内外产业布局的和理性与产业结构互补性。这种以区域整体的长远利益换取行政业绩的方式误导了“长三角”的发展，形成低层次无序混战的恶性竞争格局。
（3）重大基础设施建设缺乏统一规划、整体布局，资源浪费严重。基础设施本身就是一个具有系统性特征的有机体，这个有机体要求其中各要素通过相互衔接与配合来实现其功能。但是，“长三角”中的一些地区缺乏整体观念和协作精神，没有能够充分认识到依托区域整体优势对壮大自己的作用。因此在港口、机场等重大基础设施的建设中，表现出了强烈的地方化倾向，导致了“港口大战”、“机场大战”，重复建设、恶性竞争导致了有限资源的浪费，从某个角度讲实际上是阻碍了该区域的经济社会发展。
（4）区域内生态环境恶化。在促进经济发展的同时，“长三角”地方政府对环境污染等外部性问题关注不够，由此引发的许多矛盾冲突，威胁到了区域的可持续发展。“长三角”地区人口多，工业化和城市化的发展速度快。环境污染、资源的不合理开发、人为破坏等生态压力超出了生态系统的承载能力，生态系统主要服务功能严重退化或丧失，短期内无法恢复。陆源排污、过度捕捞、滩涂围垦、河口航道整治等活动均使“长三角”的环境污染和生态安全问题日趋严重。
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