然后，他们有序地、逐步地将所有的树木砍伐运出。于是，光秃秃的土壤暴露在阳光下，土壤中的腐生生物（腐生生物将动植物残体和废物分解为养分供植物利用）由于太阳的曝晒而死亡，使土壤不再健康。砍伐需要使用一些大型设备，设备的重量压实了土壤，使植被难以再生。
选择性砍伐也会破坏森林。用于砍伐和运输的重型设备开进森林，破坏了其他树木，对土壤的剧烈扰动加剧了侵蚀作用。被砍伐的树木在倒下时，会将附近树木一起压倒。选择性砍伐还会使一些有价值的树种地域性地消失。最近的卫星图片显示，在巴西亚马孙热带雨林，每年选择性砍伐破坏的树木量是全部砍伐的2倍。
砍伐树木带来的最显著的后果就是生物多样性的减少。许多物种地域性地消失了，而如果该物种只在这一地区存在，或在其他地区的该物种也消失了，那么这个物种就会灭绝。当一个物种繁殖的幼体数量少于死亡的数量时，该物种就濒临灭绝。
当一个物种消失时，它对人类的潜在利用价值也就随之消失了。一些动植物体内的某种化学成分有药用价值，科学家将这些化学成分分离出来作为制药工业的原材料。在最常见的150种处方药中，75%以上是从植物、真菌、细菌和脊椎动物中提取的化合物，或是人工合成与这些物质类似的化合物。一种重要的抗癌药物紫杉醇就是从太平洋紫杉树中提取的。
野生物种也可被农业学家用来改善农作物的性状。科学家首先在野生物种中找到所需的性状，并找到控制该性状的基因（基因是指在亲代和子代间传递遗传特性的遗传单元），然后通过杂交或基因工程的方法将该基因整合到作物中。
砍伐树木削弱或消除了森林的生态功能。植物数量的减少意味着光合作用的减弱，能够在此生存的动物数量也受到了限制。森林的消失也改变了当地的水循环，蒸腾作用的大大降低，使得该地区和处于此地下风向地区的降雨量随之减少。中国西北部森林的减少就导致该地区年降水量减少了1/3。
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