法人型民办非企业单位由两人或两人以上举办，或者由企事业单位、社会团体和其他社会力量举办，或由上述组织与个人共同举办，具有法人资格，依法独立享有民事权利和承担民事责任。合伙型民办非企业单位，由两人或两人以上合伙举办，不具有法人资格，合伙负责人和其他人员的活动，由全体合伙人承担民事责任；合伙人的债务，由合伙人按照出资比例或者协议的约定，以各自的财产承担清偿责任；合伙人对合伙的债务承担连带责任。个体型民办非企业单位，由个人出资且担任民办非企业单位负责人，不具有法人资格，其债务以个人财产承担无限责任。
民办非企业单位的这种分类方法实际上沿袭了商事登记的做法。将商事登记的形式移植到民事登记中，会出现理论与实践的冲突。民办非企业单位作为非营利组织，在国际上一般只有财团法人资格的机构才享有这样的权利能力，个体（自然人）、合伙因为要承担无限责任并不适合作为非营利组织的法律形式。因此，今后民办非企业单位应该统一采用法人形式，一方面增强民办非企业单位作为非营利组织的行为能力和社会公信力，另一方面避免公众混淆非营利组织的民政登记和营利组织的工商登记。此外，便于与国际接轨而不至于出现明显的制度冲突。事实上，在一些地区的实际操作中，已经停止个人和合作类民办非企业单位的登记，为统一设立法人型民办非企业单位进行积极准备和尝试。
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