制度仅仅停留于形式。这些思想观念上的片面认识成为制约推进高校资产经营公司内部控制深入开展的首要问题。
（二）内控制度不够完善
多数高校资产经营公司规模有限，加之产权不明晰、管理经验不足和管理体制不顺等原因，资产经营公司的管理方式较为落后，尚未普遍建立现代企业制度，内部控制方面的制度和标准缺位。虽然根据北京市教委的相关要求，多数资产经营公司制定了内控方面的规章制度，但从2010年北京市校办产业中心对各高校校办企业制度建设专项检查的结果来看，高校资产经营公司内控制度不够全面、没有覆盖应有的部门和人员、没有渗透到应有的业务领域和操作环节等问题在一定程度上仍然存在。
（三）内控机构人员不够健全
高校资产经营公司是校办企业发展到一定阶段形成的，其部门和机构设置、管理机制等还在不断摸索之中。受人员编制定额的限制，有的高校资产经营公司目前没有设置内控机构和人员，有的即使设置，也并未与一些不相容的岗位相分离，内控部门职能不强，内控人员职责不清，不能对财务会计信息及各级管理部门的绩效作出正确评价。比较典型的是用财务人员代替内控人员、用单位内部的财务制度代替内控制度，对一些内控问题的处理仅凭财务人员的经验办理，缺乏应有的权威性、规范性。
（四）缺乏有效的监督
经过多年的建设，中国已基本形成了包括政府监督和社会监督的企业外部监督体系。但大多数高校资产经营公司属于政府非监管企业，对于这些企业来说，是否建成有效的内部控制以及内部控制是否得到有效执行，缺少来自政府和社会的实质性检查监督。《企业内部控制基本规范》于2009年7月1日起施行，明确要求上市公司必须遵照此规范执行，而对非上市的大中型企业只是“鼓励执行”。缺少严格有效的监督制约，使高校资产经营公司法人治理结构不够规范，内控制度体系不够完整，内控制度的执行也缺乏有力保障。
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