关于党委会与新三会的关系，关键是要在保证党的“政治核心作用”与“政企分开”原则之间选择适当的方式保证党委会的职能得以有效贯彻。党委会的主要职能可以界定为以下几个方面：参与重大企业决策，保证国有企业的社会主义属性；支持并监督经理层的日常行政工作，保证国有资产增值；加强思想政治建设和企业文化建设；维护职工的权益不受侵犯，并调动职工参与管理的积极性。这些职能如何通过制度设计嵌入到企业目前的公司治理结构之中是问题的关键。对此，我们认为，可以试行陈长治（2004）提出的“三合一”或“二合一”的职权配置机制。“三合一”或“二合一”机制基本原则是在避免政企不分问题的前提下保证党委会参与企业重大决策的权力。具体途径是，在书记不兼董事长或总经理的条件下，制定有关法规、条例，通过国有资产管理机构的配置使以下三个职务或两个职务集于一身，即党组织书记、监事会主席、工会主席。书记在不兼任董事长或总经理的条件下，可以在法律许可的条件下担任监事会主席或工会主席；也可以按照程序由书记提名或推荐一名副书记、纪委书记或党组织委员担任监事会主席、工会主席，并提名或推荐其他党组织委员依法进入董事会。这样就避免了书记、董事长与总经理“一肩挑”引起的“内部人控制”问题，同时通过委派董事会成员或保证党组织的代表担任监事会主席或工会主席，实现了党委会参与决策的职能。
关于职代会与新三会的关系，关键是要从制度上确立职工在企业治理中的主体地位，保证职工参与企业管理和决策的权利。为确保职工在现有权力格局中的权力和地位，我们可以通过经济立法和制度设计确保职工实现其基本权益。根据有关学者（卢昌崇，1994；唐恒照、朱必祥，1999）的研究，我们认为可以采取以下途径。其一，将企业职工入选董事会的比例以法律形式确立下来，并保证职工拥有足够的权利参与管理和决策。其二，提高职代会的地位，赋予其直接选举董事的权力，使其成为与股东大会并列的两大权力机构之一。这样就为职工参与管理制度在现代企业制度中的权力格局中提供了一个基本的“支撑点”，使股东大会、董事会与职代会、工会之间的权力关系从根本上获得了统一，也保证了劳动逻辑与资本逻辑并重的基本原则，有力地矫正了现有权力格局“股东利益至上”而职工利益被边缘化的问题。
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