三 是股改覆盖国有商业银行改革和农村金融改革两大难点问题。中国农业银行股份制改革的总体原则是“面向‘三农’、整体改制、商业运作、择机上市”。其股改分为两大部分，一部分是“商业运作”。中国农业银行基本上采取了其他三家国有商业银行“注资一重组一改制一上市”的模式，实现了商业化改革目标。另一部分是“面向‘三农”’。国务院常务会议于2009年审议通过《农业银行股份制改革实施总体方案》，要求其紧紧围绕社会主义新农村建设和县域经济发展中的金融需求，进行事业部制管理体制改革。2009年5月，中国银监会发布《中国农业银行“三农”金融事业部制改革与监管指引》。为达到方案和指引要求，2009年中国农业银行制定实施了《中国农业银行“三农”金融事业部制改革试点实施方案》，2009年11月，在试点的基础上，“三农”金融事业部制改革在中国农业银行全辖推广。通过推行“三农”金融事业部制改革，中国农业银行找到了在商业化运作前提下，盈利与有效服务农村金融的平衡点。
四是实现上市模式创新。中国农业银行通过几项制度创新创造了“A+H”股发行上市的第三种模式，即“同时路演、同时簿记、同时定价、差异化定价”的模式。这是不同于建设银行和中国银行IPO时采取“先H股上市、后A股上市”的模式，也不同于工商银行IPO时采取的A股、H股“同时发行、同时定价、统一价格、同时上市”的模式。A股、H股定价分别为2.68元人民币和3.20港元，同时，农业银行发行上市实施了“绿鞋”机制，而且达到了预定效果并推动了有关监管制度改革。
中国农业银行登陆资本市场后，中国五家大型国有控股商业银行已全部进行了股份制改革，“国有独资商业银行”成为历史。截至2010年末，仅工农中建四家大型商业银行市值就超过4万亿元，并全部跻身全球十大市值银行之列。同时，这也标志着中国银行业和金融体系更艰难的深层次改革由此启幕。
一是继续完善公司治理机制，真正做到由“形似”向“神似”转变。大型商业银行通过改制和上市，公司治理虽有所改善，但“三会一层”之间制衡机制的作用尚未充分发挥，将改革向纵深推进、实现公司治理由“形似”到“神似”转变的任务还十分艰巨。尤其是在金融危机后，大型商业银行董事会面临更大的挑战，如何充分有效地发挥董事会的作用，以保证股东利益，并在市场和股东短期利益诉求压力下坚持长期发展战略，将是其董事会下一步面临的重要课题。
二是大力推进战略转型，转变经营模式、业务模式和盈利模式。从经营模式看，目前中国大型商业银行的业务和盈利主要集中在国内，海外业务规模小、盈利贡献少。截至2010年末，五家大型商业银行海外业务营业收入占比仅为5.56%，随着国内金融市场竞争日趋激烈，未来一段时期，大型商业银行亟须大力推进国际化经营，在稳固国内市场的同时，扩大海外业务和盈利占比。
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