比如，1999年的《淘汰落后生产能力、工艺和产品的目录》和《工商投资领域制止重复建设目录》；2000年的《国务院关于印发鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策的通知》等。“九五”期末，产业结构比例失调的问题基本上得以解决，经济运行质量和效益进一步提高，国内生产总值年均增长率8.3%，结束了“短缺”经济时代。
进入新世纪，我国逐渐从1997-1998年东亚金融危机的影响中走出来，经济增长进入新一轮上升周期。然而，经济发展面临着结构不合理，科技创新能力不足，资源短缺和环境恶化等方面的突出问题。从长期角度看，我国已经进入必须通过结构调整，提高经济效益来促进经济发展的阶段，对产业政策的要求越来越高。“十五”计划将“产业结构优化升级，国际竞争力增强”作为经济结构调整的主要目标，产业政策围绕转变经济增长方式，大力推进产业结构优化升级。国家政府对“九五”期间颁布的一些政策规定进行了修订，2002年4月，国务院公布的《指导外商投资方向规定》正式实施。
党的十六大创造性地提出了科学发展观和新型工业化道路，为我国产业政策实践指明了方向。国务院于2005年12月颁布了《促进产业结构调整暂行规定》，明确了当前及今后一段时期产业结构调整的目标、原则、方向和重点。2005年12月，国家发展改革委发布了《产业结构调整指导目录（2005年本）》，它由鼓励、限制和淘汰三类目录组成，其余为允许类。国务院于2006年3月和2007年3月，分别发布了《关于加快推进产能过剩行业结构调整的通知》和《关于加快发展服务业的若干意见》。国家发改委于2007年底发布了我国首份关于产业集群的专项政策，在规范和引导我国产业集群有序发展方面迈出了重要的一步。我国产业政策手段越来越多样化，效果越来越显著。
从20世纪90年代以来颁布的各项政策法规文件来看，我国产业结构政策与产业深化创新政策是相互融合在一起的。这一点可以从90年代以来制定政策规定的倾向中看出来。1995年制定的《指导外商投资方向暂行规定》从技术水平、产品性能和档次、对资源环境影响程度等方面将外商投资项目分为鼓励、允许、限制和禁止四类。2002年4月，制定《指导外商投资方向规定》。截至2008年底，1995年制定的《外商投资产业指导目录》分别在1997年、2002年、2004年、2006年和2007年进行了5次修订。
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