中央财政主要污染物减排专项资金主要用于七个方面：一是支持国家、省、市国控重点污染源自动监控中心能力建设；二是补助污染源监督性监测能力建设和环境监察执法能力建设；三是补助国控重点污染源监督性监测运行费用；四是补助提高环境统计基础能力和信息传输能力项目；五是围绕主要污染物减排开展的排污权交易平台建设及交易试点工作等；六是主要污染物减排工作取得突出成绩的企业和地区的奖励；七是财政部、环保总局确定的与主要污染物减排有关的其他工作。这方面都涉及水环境保护方面的投资，可以看出，中央财政主要污染物减排专项资金用于水环境保护投资机制主要包括能力建设方面的直接投入和补助以及对水污染防治工作的奖励等。但是对于不同的项目，减排专项资金的投资机制也存在差别。
辽宁省水环境保护政府投资机制。2007年辽宁省出台的《辽宁省辽河流域水污染防治专项资金管理办法》规定水污染防治专项资金支持的范围包括：流域内严重影响群众生活的集中饮用水源地污染防治和重点水污染防治项目；流域内区域性环境监测和执法能力建设项目；流域内水污染防治及饮用水源地保护等方面的规划、科研项目；省政府确定的流域内其他重点水污染防治项目。从这里可以看出，辽宁省辽河流域水污染防治专项资金主要采用的项目建设的直接投入方式。
江苏省太湖水污染治理专项资金投资机制。《江苏省太湖水污染治理专项资金使用管理办法（试行）》明确了专项资金支持方式，规定对省级项目，主要由省级专项资金投入，需地方安排配套资金的，应按省有关要求落实地方配套资金。对地方项目，主要由地方负责投入，省级专项资金按规定给予支持。在支持方式方面：对省级项目，主要采取相关投资或补助的方式。对地方承担建设、投资任务的各类项目，专项资金根据项目类型并结合目标任务完成情况确定不同支持方式。
2.我国水环境保护政府投资机制存在的主要问题。随着我国各级政府对水环境保护的重视程度不断增加，水环境保护政府投资力度不断增加，也取得了一定的产出成效，但水环境保护政府投资机制还是存在不少问题，表现为以下几个方面：
水环境保护政府投资来源比较单一。从水环境保护中央政府投资来看，2006年以前，我国水环境保护投入的主要来源是国债资金。2006年以后，水环境保护中央政府投资大部分从中央财政设立的主要污染物减排专项资金安排。因此，从中央层面来看，并没有形成规范的、稳定的和比较广泛的水环境保护政府投资资金来源渠道，没有形成国债资金和政府性基金收入用于水环境保护投资的有效渠道。从水环境保护地方政府投资机制来看，有些地方尝试建立水环境保护政府投资的多来源渠道。但总体来看，这些资金也基本上来源于一般预算，并没有形成预算、收费、基金、国债、税式支出、特许权收入综合的资金来源途径。
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