到了17世纪，拥有更多船只、更多士兵、更先进枪支且殖民政策更加苛刻的荷兰人成为了香料贸易的主角。荷兰人主要通过成立于1602年的荷属东印度公司控制香料贸易。然而，要想独占香料贸易并非易事，即使获得了垄断权，经营也不容易。荷属东印度公司赶走了为数不多的西班牙人和葡萄牙人，并通过对当地人进行残酷的镇压，终于在1667年完全垄断了摩鹿加群岛的香料贸易。
为了巩固在香料市场上的垄断地位，荷兰人需要控制班达群岛的肉豆蔻贸易。1602年，荷兰人与班达群岛的一个村长签订了一份协议，使荷属东印度公司获得了购买该岛全部肉豆蔻产品的权利。可能岛上的居民既无法接受，也无法理解只准卖给荷兰人的规定，于是他们继续将肉豆蔻销售给出价最高的其他商人。
荷兰人对此进相当不满，并出兵进行镇压。一支载有数百人的荷兰舰队抵达班达群岛，并在岛上建立了若干个堡垒，旨在控制班达群岛的肉豆蔻贸易。接着荷兰舰队对当地人发动一连串的进攻、屠杀、重签被撕毁的条约，这些足以证明他们对控制香料贸易的决心和野心。除了荷兰人的堡垒周围，班达群岛其余地方的肉豆蔻树林全被摧毁。岛上居民的村庄被战火烧为灰烬，村庄首领被处死，幸存的人则沦为奴隶，负责指导荷兰殖民者种植肉豆蔻。
这样，荷兰通往完全垄断香料贸易的道路上剩下的唯一障碍，便是一直据守在岚屿岛的英国人。岚屿岛是班达群岛中最远的一个小岛，英国人多年前与当地首领签订了一份贸易协定。为了实现对香料贸易的垄断，荷兰人和英国人在此进行了一场血腥的战争。荷兰入围攻岚屿岛并大肆破坏该岛的肉豆蔻树，战争最后以英国人宣告投降而结束。
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