公元1573年，明神宗万历元年首设新安县，抗倭能力大增，深港边民重新安居乐业。然而，清军入关，明朝灭亡后，清廷为镇压南部沿海抗清复明志士发布的一纸“迁界令”，却给新安边民带来长达8年的迂徙之苦，这也是深港历史上曾有过一段短暂的由南往北回迁史。
封锁郑成功下达迁界令清朝初年，反清复明志士退守东南沿海继续抵抗，其中力量最强大的是据守台湾的郑成功将军，他拥有强大的水师，其部下同福建、广东沿海一带的居民交，主密切，除交换生活必需品外，还到东南沿海岸边种庄稼。加上很多士兵本来自福建和广东沿海，亲戚往来十分频繁。清政府为了斩断东南沿海居民与郑成功的联系，于顺治十八年（1661年）正式发布“迂界令”。当年12月颁布的《严禁通海敕谕》称：“郑或功盘据海徼有年，以波涛为巢穴，无田土力可以资生。一切需用粮米、铁、木、物料皆系陆地所产，若无奸民交通商贩，潜为资助，则逆贼坐困可待。”随后，朝廷派官员到东南沿海各村张贴告示，但老百姓哪能说走就走，有的老百姓念着庄稼需要收割，有的想着台湾的战火一时半会儿还不会烧到这里来，有的还心存侥幸以为皇帝会改主意。于是，清廷派出大批官兵强行驱赶，并强行毁坏田舍、村镇、城廓，百姓限期搬出，违者以军法论处。初迁时，只限期三日，“尽夷其地，空其人”，被迫北迁的深港百姓只能带着可随身携带的小家当仓促上路。新安无百姓知县奏请撤被迫离乡的百姓开始还指望很快就能回迁，但官府动用军队，挖界沟，筑界墙，设烟墩，严禁任何人进入界内，越界者死。回迁无期，随身携带的银两也用尽了，生活无着，出现了“夫弃其妻，父别其子，兄别其弟”的悲惨场面。丈夫哭着送妻子“跟他人去作为婢女，免得大家都饿死”，做父亲和兄长的眼含泪水让儿子或兄弟“暂且到人家去打工养活自己”，即使是一些大富人家，有的也被迫转做奴婢，有的无处安身只能去投军，还有一些年老体衰最后毙尸路边，惨不忍睹。
到康熙年间，“迁界令”仍一道又一道地颁发。康熙元年（1662年）三月，新安县居民已内迁50里，迁出区域占整个新安县域的三分之二。康熙三年（1664年）五月，清廷“时以迁民窃出鱼盐，恐其仍通海舶”，又F令再内迁30里，新安县境内的居民几乎迁完。最后在当时两广总督的求情下，曾保留了24个乡。但康熙四年（1665年）三月，剩余的24个乡也不能保，近的撤到东莞，远的不知所终。及至康熙六年（1667年），由于新安县百姓已经全部北迁，堂堂一县衙门没有百姓可管，时任知县张璞奏请撤销新安并入东莞县，朝廷批准。康熙迁海令涉及中国所有沿海地区，而因迁界而被迫撤县的，新安县是绝无仅有的。
进士去求情全村得幸免据考证，在新安县大规模迁界过程中，还有少数幸存的“钉子户”，其中一户就在今天的深圳沙井街道一带。当地恩德乡有一个三都衙边村，村里有位年轻人叫陈隽蕙，他在顺治十八年（1661年）赴京师参加辛丑科会试，登马世俊榜第二甲，赐进士出身。迁界之时，他正在家里等候皇帝任命，眼看靠晒盐为生的父老乡亲就要失业，他恳求迁界官员给一条活路。
考虑到他可能前途无量，迁界官员给了他一个面子，同意这个村里的人可以凭借一道特许的腰牌进出，但只能晒盐，不能在村里居住。还有一户是香港新界地区的邓氏家族，他们虽然没有陈隽蕙这样的进士，但是家族势力不小，或许是打通了官府的某些关节，这个邓氏家族被准许撤到最靠近边界的地区，也就是今天的深圳沙井茅洲河一带。据说，后来再次迂回今天的香港地区后，邓氏家族还把茅洲的南海洪圣大王请到了今天的香港元朗。
巡抚求复界总督被罢官“迁界令”一直持续了将近8年。当时的广东巡抚王来任，非常同情新安北迁居民的悲惨遭遇，于康熙六年冒死上疏请求复界。他在《展界复乡疏》中写道：“沿海边民，惨被荼毒，或被戮而尸骸遍野，或被掳而骨肉星分，或被横征而典妻儿，颠连万状，罄竹难书。”并指出“迂界”政策不仅给民间造成深重灾难，还使全省每年减少地丁钱粮30多万两，几十万失去生路的边民成为盗贼。然而，王来任很快被罢官，病死在广州，广东广西总督卢兴祖也受牵连被革职。随后，山东巡抚周有德升任广东广西总督，内国史院学士刘秉权任广东巡抚，这两位官员也对迁海政策提出质疑，继续上疏朝廷，痛陈“迁界”之害。康熙八年（1669年）正月，清廷终于取消“迁界令”，准许康熙三年迁界地区居民回迁恢复原籍。同年七月，康熙皇帝下诏恢复新安县。至此，长达8年的北迁浩劫终告一段落。
新安百姓被迫北迁，深港地区沿海农业生产、渔盐采集、对外贸易都遭到巨大的破坏。迁界前，新安县人口6851人，盐丁3818人，国家征收赋税粮食11652石；迁界后，新安人口2172人，盐丁127人，国家征收赋税粮食2837石。由于人口稀少，清廷不得不从广东各地招募人丁迁居新安。根据康熙《新安县志》记载，每年都招入数十至数百居民来到这里，重新开垦荒地。迁界之前，新安县盐业发达，因迁界致盐业长期荒废，再加上珠江口海水逐渐变淡，盐质量大不如前，大部分回迁盐民不得已转以捕鱼、养蚝为生。
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