在南北政权尚未统一之际，袁世凯实际掌控的北方政权，对于管理蒙藏事务的中央机构没有立即革新，蒙藏事务仍由前清理藩部管理，大政方针由具有临时政府性质的民国临时筹备处决定，对于东三省、蒙古、西藏，以及各边省，采取了“维持现状，并预备将来办法”的方针。清帝退位后，理藩部正、副大臣改称正、副首领。3月7日，袁世凯令荣勋兼任正首领。
袁世凯出任临时大总统后，在边疆民族问题上，认同孙中山提出的五族共和、国家领土统一的政治纲领，以及处理蒙藏等边疆民族问题基本的政治原则。3月25日，袁世凯以临时大总统名义发布了《劝谕蒙藏令》，表示政体改革，五大民族均归平等，要逐渐革除蒙藏疾苦，“并望各王公、呼图克图、喇嘛等，于中央大政及各该地方应兴应革事宜，各抒己见，随时报告，用图采择，务使蒙藏人民，一切公权私权，均与内地平等，以期大同而享幸福”。④同月，袁世凯下令废除清朝管理蒙藏事务的理藩部。4月10日，任命张元奇为内务部次长，负责蒙藏事务。21日，袁通令全国，解释蒙藏事务归内务部的理由是，五族共和，不能如帝政时代再有藩属名称。民国政府不设理藩部，系视蒙藏回疆与内地各省平等之故。同时说明“在地方制度未经划一规定以前，蒙、藏、回疆应办事宜，均各仍照向例办理。”④5月12日，在内务部设蒙藏事务处，下设4科，由前归化城副都统文哲珲任总办，吴燕绍任帮办。
1912年6月，北京政府临时参议院以“蒙藏地方一切例政，与各省迥异，且规划设治，事属创行，自应另设专局”为理由，提议设立直隶于国务总理的蒙藏事务局，拟订了官制草案。国务会议审议后，将原案及审议理由呈报大总统袁世凯。7月24日，袁世凯下令将蒙藏事务处改为蒙藏事务局，并公布官制，规定蒙藏事务局直隶国务总理，掌管蒙藏一切例政，规划蒙藏设治事宜，设局长1人，副局长1人，秘书2人，参事4人，礼官4人，佥事12人，主事12人，译员4人。蒙藏事务局附设蒙藏研究会，负责调查研究蒙藏地方情况。②7月29日，任命姚锡光为蒙藏事务局副总裁并兼署总裁。③9月9日，改任贡桑诺尔布为总裁。28日，改任荣勋为副总裁。
1914年5月1日，袁世凯废除《中华民国临时约法》，公布《中华民国约法》，推行个人独裁统治。5月4日，北京政府改蒙藏事务局为蒙藏院，地位与各部相同，根据《蒙藏院官制》和《蒙藏院办事规程》，管理蒙古和西藏地方事务。
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