《蒙药正典》一书纠正了当时蒙古地区其他一些药学专著中的误讹，批评了某些作者因粗心和偏见所造成的以讹传讹的不良影响。基本挽回了当时由于药物名称的混淆所导致的临床用药混乱局面。故该书的内容十分详实、阐释深刻、文风严谨、引文出典明确，使人看后可信可靠，至今仍有很高的学术和使用价值。全书共分四大部分：第一部分介绍了树喻法，并附9幅树喻图。其内容亦博采有关树喻法的众长结合自己的见解，使其更趋于完整和易懂。第二部分药物学，篇幅最大，分八部二十四章，共收载了879种药物，附有570幅药物插图。对每味药物的产地、来源、形态、药用部分、性、味、功能、主治、采收季节、炮制方法等均作了详细阐述。第三部分记述了身体各部分划分法及身体关键部位等解剖学内容。书中按头颈、躯干、肢体划分，分别对人体各种组织器官的关键所在部位作了深入的阐述。第四部分介绍了放血、针灸等疗术，并附4幅人体穴位图，介绍了300多个穴位。对其适应症作了客观的记述。

序论
第一章 《根本医典》树喻分类法
一、生理根分出未变体、病变体二树
（一）未变体分三枝
（二）病变体分九枝
二、诊断之根生望、切、问三树
（一）望诊树分二枝
（二）切脉树分三枝
（三）问诊树分三枝
三、疾病治疗之法根生食物、起居、药物、术疗四树
（一）食物树分六枝
（二）起居树分三枝
（三）药物树分十五枝
（四）术疗树分三枝
第二章 药生范例和器械形状
药生范例
一、宝类药物
（一）不熔性宝类药物
（二）可熔性宝类药物
二、石类药物
（一）不熔性石类药物
（二）可熔性石类药物
三、土类药物
（一）天然土类药物
（二）人造土类药物
四、精汁类药物
五、树类药物
（一）果实类药物
（二）树花类药物
（三）树叶类药物
（四）树枝类药物
（五）树干类药物 
（六）枝条类药物
（七）树根类药物
（八）树根茎类药物
（九）树皮类药物
（十）树脂类药物
六、汤类药物
七、草类药物
（一）根类药物
（二）叶类药物
（三）花类药物 
（四）果实类药物
（五）叶茎花果同用类药物
（六）根茎叶花果同用类药物
（七）作物类药物
八、动物类药物
（一）人类药物
（二）兽类药物
……
第三章 人体与寓命处
第四章 放血、针刺、火灸穴位
参考文献
附录