全书共分十二卷,第一卷扼要地记载针道源流及经论部分,作为针灸的理论基础,第二、三两卷为歌赋,在所有针灸古籍中,针灸大成所辑录的歌赋可说是最完全的。卷四为针刺手法,介绍了各家针法及补泻手法。卷五为子午流注,近人所阐述之子午流注,几乎没有超出此卷之范围。卷六、卷七两卷为针灸之经络腧穴、脏腑阴阳五行等与针灸经络相关性。卷八为针灸治疗,叙述取穴法及各种疾病之针灸逆流法,卷九首先记载治症总要,继之介绍东垣针法,历代名医治法及各家灸法,卷十是小儿按摩,实际上是针灸大成的附篇,卷十一及卷十二为作者增编之两卷,卷十一
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