1．有区别的投资政策
我国现有的医疗机构中公有制比重较高，营利性医疗机构及民办非营利性医疗机构比重较低，为促进医疗机构的发展，政府应适当鼓励民间资本投资于营利性医疗机构，并通过产权形式多元化的改革，发展一部分营利性医院，以适应社会多层次需求。同时，对非营利性医疗机构也要改变单纯由政府投资的做法，鼓励民间兴办非营利性医疗机构，开拓个人捐款、基金会和慈善机构出资等渠道。财政对政府办的医疗机构应保证必要的投入，对民办非营利性医疗机构承担的公益性服务也应有一定的经费补贴（可以看作政府代患者购买医疗服务）。民办非营利性医疗机构也可享受与政府医院同样的信贷优惠政策。国家财政部、国家计委、国家卫生部已经出台了《关于卫生事业补助政策的意见》，各地政府将根据实际核定出补助项目和数额，使国家的补助款项尽快到位。
2．不同的税收政策
国家税法是规范一切税收行为的根本依据。制定既符合税法又符合我国医疗卫生事业特点的医疗卫生税收政策，是实行医疗机构分类管理的重要条件。政府对医疗机构经营活动纳税行为的确定，不是以机构的所有制性质为依据，而是根据医疗机构的社会行为来确定。营利性医疗机构理应按国家税法有关规定照章纳税，但由于医疗服务治病救人的特殊性，医疗机构的营利行为和其它营利行为的内涵有所不同，由此在税率的制定上应有所区别。税务部门对非营利性医疗机构在落实税收优惠政策的同时，应严格监督其经营活动及其收支结余的用途。非营利性医疗机构要按规定申报其收支结余，如果发现收支结余的分配使用违背了非营利性的规定，那么应依法给予相应处理。财政部和国家税收总局已联合下发了《关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》，各地在充分考虑两类医疗机构的运作方式、经营管理、营利的分配方式等方面的特殊性和当地经济、社会发展水平的基础上，应制定适宜的税收政策，并制定保障措施，使税收政策畅通无阻地贯彻执行。
3．不同的价格政策
长期以来，我国医疗机构的收费价格由政府管制。实行分类管理后，对于营利性医院和民办非营利性医院的价格管制应适当放开，由这类医院依据市场供求自主定价。对于政府医院，应当继续实行必要的价格管制，以适应群众的基本医疗需求。各级卫生行政部门要制定医疗服务价格管理的保证措施，比如坚持“总量控制、结构调整”、核算医疗成本、强化医院管理、提高工作效率等，使新的医疗价格管理机制在改革初期有一个良好的调整空间。
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