在漫长的历史中，阿育王寺佛舍利宝塔曾先后七次遭受劫难，却有惊无险，安然无恙保存至今，这是文化史上的奇迹。第一次劫难是唐会昌五年（公元845年）。唐武宗下令灭佛，全国多数寺院被毁，经像被焚，僧尼还俗。阿育王寺也未能幸免。舍利宝塔被没收进越州（今绍兴）官库。但似乎真有果报，唐武宗灭佛半年即背生毒疮而死。唐宣宗即位，重兴佛法，舍利宝塔先由官库迁至绍兴开元寺，阿育王寺僧上诉至观察判官蒯希逸，蒯秉公判还。明州太守王龟亲自到绍兴奉迎，阿育王寺举行隆重的供奉舍利宝塔仪式，有僧俗八千余人参加，盛况空前。
第二次劫难发生在唐末。其时有一个新罗僧人企图盗走舍利宝塔，他几经谋划，终于混入舍利亭取出舍利宝塔，但是，他手捧舍利宝塔，却整夜绕着舍利亭而行，天亮后他一看，仍然在原地踏步，大惊失色，只好弃塔而逃。
第三次劫难发生在吴越国时期。吴越王钱谬崇信佛教，于后梁贞明二年（公元916年）派僧人清外随同其弟钱铧到阿育王寺迎佛舍利至杭州，次年建九级木塔供奉。后周显德五年（公元958年），木塔起火，一寺僧不顾烈火烧身，登上木塔第三层，救出佛舍利塔，暂供于龙华寺。八年后钱弘傲重建宝塔，从龙华寺迎回舍利宝塔，并建石经幢二座。
第四次劫难发生在南宋末年。宋代，阿育王寺拓展为十方禅刹，高僧辈出，四方问道者闻风而至，成为浙东名刹。南宋宁宗时期，被评定为禅宗五山之第二山，与径山寺、灵隐寺、净慈寺、天童寺齐名。南宋末年，阿育王寺遭火灾，但舍利塔安然无恙，被救出保存于古育王寺。
第五次劫难发生在元代。至元十三年（公元1276年），元世祖忽必烈遣使迎奉舍利塔至开平府华严寺（今内蒙古闪电河北岸）。不久迁塔至燕都（今北京）圣寿万安寺，后因舍利塔发瑞光，元世祖才派人将宝塔送还阿育王寺，并诏江浙省区修复阿育王寺殿宇。
第六次劫难发生在1949年5月。其时宁波已解放，但盘踞在舟山的国民党空军，不时来轰炸阿育王寺。源宠方丈心急如焚，他说服舍利殿主宗释将舍利塔转移。寺僧化通将患重病的宗释背至舍利殿，请出舍利塔，再背至后山，由宗释亲自将舍利塔藏于石穴中，不久又移至天童古松堂，使舍利塔免遭灾难。
第七次劫难始于1966年的“文化大革命”。其间许多寺院遭破坏，佛像被毁，僧众被批斗。阿育王寺也未能幸免于难。寺僧为保护舍利宝塔，将其送至鄞县财政局，交政府保管，后移至鄞县文物管理局，1977年寺院修复，由通一方丈迎归舍利宝塔。舍利宝塔一千七百余年，遭数次劫难而完好，至今仍是阿育王寺的镇寺之宝，这主要归功于佛教本身的生命力和感召力，归功于一代又一代僧人的护持。
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