明朝的布政使司的最高长官是左右布政使；级别为从二品，下有左右参政二员，左右参议各一员，级别分别是从三品、从四品。
布政使是福建的行政主官，黄仲昭说：“国朝改设布政司以统八府一州五十三县之治，品秩几与六卿等。而凡所部百僚、列郡庶政，无一不在纲维，其柄任之重，位望之尊，即古方伯之职也。膺是任者，必有其端列郡之表率，副斯民之瞻仰。”
福建等处提刑按察使司的主官为按察使，正三品，比布政使低一级。他的下属有：按察副使二员，佥事四员，分别为正四品、正五品。按察使司的权责相当后世的司法、检察机构，主要职责是审理案件，同时监督同省的官吏。
福建都指挥使司的主官是都指挥使，正二品，级别比同类官员高。但明朝重文轻武，武职官员品级虽高，却受到同僚的歧视。都指挥使的属官有都指挥同知二人，从二品，都指挥佥事四人，正三品。
以上三大机构中都设有经历司、照磨所、司狱司等机构，但吏员数量不等，福建布政使司的吏员有八九十人，按察使司吏员只有一半，都指挥使司更少，不论文武机构，它的吏员都选用文人。
明代福建布政使司下辖八个府：福州府、建宁府、泉州府、兴化府、延平府、漳州府、汀州府、邵武府，大致上是元代的路都改为府。明宪宗成化九年（1473年），又增设了福宁州，与以上八府并列。明代的府设知府、同知、通判、推官等官员。知府官衙中也有经历司、照磨所、司狱司等幕僚性质的机构，并附设阴阳学正、医学正科、儒学教授、训导等官，分掌教育、医疗、天文、风水等各类事务。另设僧纲司、道纪司等掌管宗教的机构。这些机构也与宋元时期相类似。
明代的县级官员有知县、县丞、主簿、典史、儒学教谕、训导等人，比唐宋时期多了几员，所以，明代官员有这种说法：“余表秩官而知十羊九牧之说之非诬也。政（和）一弹丸之地耳，俗颇称淳朴，赋无宿逋，讼甚简，月不能数十，择其近情者理之一日，而案牍可清，虽西南二里有可耕之民，而无可耕之地，寡积聚，或易于为非，得一循吏，便可卧治。主簿已久裁革，即县丞亦赘尤矣。”
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