在校长办公室里抓到了国民党特务，学生的情绪如同火上浇油。学生会宣布从19日开始罢课，如交涉无结果，全体同学到南京请愿，罢免丁文渊。丁文渊也不让步，18日宣布开除五名学生，21日又开除四名学生，处分三十人。并发出《告学生书》，逼迫学生结束罢课，恢复秩序。教育部次长杭立武表态支持丁文渊，并盼学“持缓和态度”。26日，教育部长朱家骅赶到上海，与丁文渊等密谈。朱说，此次学潮非一般罢课事件可比，具有严重之政治性，从学生要求修改部颁自治会规则可以概见。希望学生从速复课，如再坚持，不惜解散同济大学。鉴于矛盾已经不可调和，学生会决定：如果28日交涉仍无结果，同济学生将于29日全体到南京请愿抗议。28日深夜，上海市警察局长俞平叔来到同济，做最后的劝阻，遭到学生拒绝。
29日凌晨，国民党军警将同济工学院团团包围，禁止学生走出校门。四辆装甲车把住了各个路口，骑警的马队虎视眈眈。千余名同济学生在校门口高呼口号，复旦、交大等学校前来送行和声援的学生站在街上，与同济学生隔着墙互相喊话，表示支持。相持几小时后，10时20分，同济学生冲出校门，来到其美路上与军警对峙。
眼看学生要冲破封锁，市长吴国桢出面了。他向学生喊道：你们同济的事，我一直很关心。到南京请愿，可推举代表十人，我可以保护。但是不能集体请愿，这是违法的。学生高呼：根据宪法，人民有请愿的自由。吴国桢说：根据维持社会秩序紧急法，请愿不能超过十人。然后，他叫学生代表一起到旁边的康陇酒坊谈判。从十一时到午后三时，谈判一直在拖延。吴国桢谈笑自如，而丁文渊一直露面。这显然是拖延时间，要把学生累垮。在学生群中的中共地下党员吴学谦、乔石等商量，不能上当，要采取行动。这时，一个学生与警察发生冲突被捕，学生顿时愤怒起来，集体向前冲。吴国桢出来时，学生们向警察马队抛掷石块，一时形势大乱。有学生抓住吴国桢，打掉了他的帽子和眼镜。并将他推倒在地。这时警察高喊：市长被打了！掏枪准备射击。吴国桢怕酿成血案，赶紧喊：不准开枪！这时，担任谈判代表的地下党员冯立文感到如果事态发展下去，将会导致严重后果，使学生在政治上处于被动。他一把拉起了吴国桢，立刻有警察赶来把吴护送走。
警察的马队在学生群中往来冲撞，挥舞棍棒，打伤踏伤学生多人，还有部分学生被警察捕去。手无寸铁的学生难以与武装军警对抗，学生会指挥学生和外校同学退人工学院内。这时，吴国桢指着学生代表说：像这种行为，简直是有意造成事件。他强硬提出：交出今天带头闹事的学生，交出被开除的学生，立即复课。指挥军警的上海警备司令宣铁吾也气势汹汹地说：殴打行政长官，应当严办。这时，丁文渊才来到。他根本不是来解决问题，而是配合吴国桢、宣铁吾镇压学生的。
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