撤藩的时机终于到来了。康熙十二年（1673年）三月，尚可喜突然提出申请，要求撤藩，“归老辽东”。尚藩很明智，掌握政治上的主动权，自请撤藩，在客观上为圣祖处理三藩问题铺平了道路。于是，圣祖抓住这一难得时机，顺水推舟，毫无挽留之意，马上批准。实际上，这一做法，就是暗示吴、耿两藩也应效法尚藩，主动提出。进而说，批准尚藩撤回，也就造成了咄咄逼人的气势，迫使吴耿做出选择。果然，耿、吴两藩无法回避，心非所愿地也提出撤藩。
诸王贝勒、大臣会议在讨论时，一致同意耿藩可撤，但对吴藩撤否却出现了严重分歧。以户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛、兵部尚书明珠等人为代表，只有少数人支持圣祖全撤的主张；多数廷臣持相反意见，其中内弘文院大学士图海、索额图等主张最力。圣祖为慎重起见，又指令议政王大臣会同户兵两部及九卿科道诸臣再进行讨论，希望取得一致意见。会议结果，还是两种意见尖锐对立。圣祖力排众议，宸衷独断，正式作出撤吴藩的决定。
事情绝非如圣祖想得那么简单，以为一道圣旨就可以解决问题。他本人及其支持者明知情况复杂，明知吴和耿请撤并不是出自诚意，应当慎重估量当时的形势和撤藩可能产生的后果，多设想几种方案以供选择，防患于未然，是完全必要的。归纳起来，可有五种方案选择：
其一，恪守太宗以来，世祖、多尔衮和圣祖即位后多次许下的诺言，“子孙世袭罔替”，永不撤藩；其二，将吴、耿、尚调到北京，以觐见为名，叙君臣之乐，借机把兵权收回。此法颇类宋太祖“杯酒释兵权”；其三，区别对待，分期撤藩，以分其势，如兵法云：各个击破；其四，不急于撤藩，即使尚藩主动要求，亦可缓机图之，如，待他们老一辈去世，新一代掌权，趁其年轻，威望不重，再解决也不迟；其五，三藩同撤，一次性解决。
解决问题的途径是多种多样的，各有其可行性。比较以上各个方案，如多数廷臣所主张的，区别对待即第三方案，分期撤藩，较为得策。一是尚藩率先撤藩，不易反悔；二是耿藩为第三代承袭，精忠没有威望，也缺乏实际的政治经验，把他撤下来，不致出乱子，最后只剩下吴藩，势单力孤，再稍待时日，他已60岁，等其寿终正寝，就不难解决。但圣祖计不出此，却选择了第五方案，是最下之策。圣祖时年20岁，血气方刚，凭一股气盛，断然一次性解决，操之过急，惹出一场大乱。如果，他能冷静、小心，持极慎重的态度，不取其下策，那么，八年内战就有可能避免，至少说可以延缓，即使发生，也不致声势如此浩大，持续时间如此之久。不久，即将爆发的内乱，是由撤藩引起的，圣祖处理不当，是不能辞其咎的！
正如人们所知道的，圣祖撤藩令送到昆明，吴三桂顿时愕然，不知所措。因为他申请撤藩不过是故作姿态，虚意应付，他自信当今皇上一定会“慰留”他，不会让他撤藩的。在圣祖与吴三桂之间，各有一个“没想到”，这就是圣祖没想到撤藩会招致一场战祸，吴三桂没想到圣祖会断然撤藩，自己朝请，而令夕下，弄假成真！吴三桂终将后悔化为仇恨，铤而走险，遂于康熙十二年（1673年）十一月二十一日，振臂一呼，悍然起兵，宣布同清朝决裂，以军事手段来保卫他所得到的权益和地位。
圣祖和他的谋臣们所始料不及的是，“吴三桂一倡变乱，遂至涂炭八年”，而“伪檄一传，四方响应”，“各省兵民，相率背叛。”事实正是这样。吴三桂叛后，贵州、四川、广西、广东、福建、甘肃、陕西，纷纷响应，甚至河北，直至京师，天子脚下，也发生了叛乱，密谋起事等事件。真是“天下骚动”，“东西南北，在在鼎沸”。特别是耿藩响应，为吴藩首难增添了巨大力量。吴兵神速，在很短时间推进至长江南岸，清兵望风披靡，一触即溃。
吴藩率先叛乱，占领长江以南大部省区，引起朝廷上下一片惊慌，无所措手足。圣祖很快从震惊中清醒过来，从容沉着地进行军事部署，与吴藩进行军事决斗。
关于战争的具体情况，无须多叙。概括起来，八年之战，大体经历了三个阶段：第一阶段自康熙十二年十一月至十四年底，吴藩发动战略进攻，清朝战略退却；
第二阶段，自康熙十五年（1676年）至十六年，双方进入战略相持，展开了互有胜负的拉锯战；
第三阶段，自十七年至二十年（1681年）十二月，清军战略反攻，吴军全面退却，直至被彻底消灭。
毫无疑问，圣祖担负了这场平叛战争的总指挥。他历经艰险，把清朝从困境中解脱出来。他调动有方，使用剿抚、恩威并施的两手策略，剪除侧翼，各个击破，全面孤立和打击吴藩。王辅臣在西北拱手而降，耿精忠在福建被迫倒戈归诚，继承王位的尚之信（尚可喜长子）在广东公开反正，清军节节胜利，在两侧战线结束战事后，全力围攻中路的湖南吴藩。吴三桂于康熙十七年即位当皇帝，国号周，不久，即因病死在衡州（今湖南衡阳），而吴军顿成瓦解之势，在清军的猛攻下，自湖南仓皇撤退，最后一直退到叛乱的发起地——昆明。圣祖派遣三路大军直取昆明。在围困了八个月后，康熙二十年（1681年）十月二十九日，昆明城中的吴藩部将发动兵变，开城向清军投降。八年之久的战争到此结束。
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