《我国湖泊流域跨行政区水环境协同管理研究:以太湖流域为例》各章主要研究内容包括：第一章介绍了国内外流域跨行政区水污染的理论研究与管理实践，通过对太湖流域自然、经济、社会、水环境分析，总结了太湖流域水环境的总体特征，对太湖流域跨行政区水污染的现状进行了具体分析，指出太湖流域跨行政区水污染是流域环境管理系统性偏差所致，必须进行系统创新，构建以生态补偿体系为核心的太湖流域跨行政区水环境协同管理模式。
第二章分析了湖泊流域的结构特点，定义了描述湖泊流域跨行政区水环境协同管理的六个基本假定。提出流域跨行政区水环境协同管理“双向付费”的理论框架，并构建了湖泊流域跨行政区水环境协同管理结构描述模型。以太湖流域为例，分析了流域跨行政区污染纠纷的产生机理，构建了太湖流域跨行政区水环境协同管理结构描述模型，提出建立流域跨行政区生态环境区域补偿体系是解决流域跨界污染纠纷、实施流域跨行政区水环境协同管理的核心和关键的论断，并具体提出了生态环境区域补偿体系的主要内容。
第三章构建了我国工业污水、城市污水削减成本函数，并通过太湖流域环境统计数据分析，得到苏浙沪两省一市的化学需氧量（COD）、氨氮（NH3—N）、总磷（TP）三种主要污染物的削减成本函数，结果表明两省一市三种主要污染物的削减成本函数差异很大。
第四章提出了应用行政手段建立流域跨行政区水环境行政协调模型，行政协调模型由流域环境成本最小模型和生态环境区域补偿模型两部分组成，其中流域环境成本最小模型归结为一个带有多约束的非线性规划问题，其解为流域各地区的污染物最优削减量，生态环境区域补偿模型采用“节余成本均分法”确保补偿地区和接受补偿地区的利益均衡。构建了面向COD、NH.—N、TP削减的太湖流域行政协调模型，太湖流域的实证分析表明行政协调模型不但有效解决了湖泊流域资源优化配置问题，而且使上下游地区达到“双赢”效果，较好地解决了流域跨行政区污染纠纷问题。
第五章通过对流域管理机构和流域各地区的博弈分析，提出了应用转移税（费）手段建立流域跨行政区水环境转移税（费）协调模型，并把转移税（费）协调模型转化为一个两层优化问题，上层是一个非线性优化问题，下层是一个多地区均衡问题，采用理想点法求解这个两层优化问题的数值解，即为转移税（费）协调模型的最优税率水平，也是流域生态环境区域补偿标准。构建了面向COD、NH3—N、TP削减的跨行政区水环境转移税（费）协调模型，太湖流域的实证分析表明转移税（费）协调模型和行政协调模型具有相同的成本节约效果，都优于目前执行的现状模型以及地区内部优化模型。综合比较分析，提出转移税（费）协调模型既能充分利用经济手段发挥流域各地区污染物削减成本差异优势，降低流域污染削减成本，又具有强制执行、公平感强等优势，因此，选择转移税（费）协调模型推动我国流域跨行政区水环境协同管理比较合适。
第六章以太湖流域为例从体制、机制、组织、技术、标准、监测、法律等十个方面提出了促进我国湖泊流域跨行政区协同管理的具体政策建议。
第七章总结了《我国湖泊流域跨行政区水环境协同管理研究:以太湖流域为例》的主要理论创新成果、具体政策建议和有待进一步研究的问题。
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