“读书不忘救国，救国不忘读书”这句话是马相伯1907年在日本对中国留学生发表的一次演说中提出的口号，这个口号实际上集中反映了马相伯办学的指导思想。马相伯虽然信奉天主教，可是他对于某些外国传教士利用帝国主义特权，进行文化侵略的行径，十分愤慨。他站在维护祖国利益的立场上，明确地提出：办学、读书，是为了救国，而救国又必须办学、读书，传播和学习科学知识。这就比较正确地解决了半殖民地半封建社会条件下高等学校的办学宗旨问题。马相伯曾经说：“我幼时便因国家忧患而感受痛苦。记得法文通史课本中，有对我国所下评语，讥刺我们这种民族，是无功来呼吸天地间的空气。”这种刺激，在他的心里留下了屈辱的记忆。当他从徐汇公学毕业，法国领事署来聘他做法文秘书时，他断然拒绝道：“我学法语，为中国用的!”这种爱国报国的思想，随着年龄的增长、阅历的丰富、思想的成熟，以及对中国社会越来越深切的认识，变得更为坚定了。震旦初创时，正值民国前资产阶级革命风起云涌，反帝反封建呼声日益高涨之际，马相伯慨然宣称：“欲革命救国，必自研究近代科学始，欲研究近代科学，必自通其语言文字始。有欲通外国语言文字，以研究近代科学，而为革命救国之准备者，请归我。”把学院定名为“震旦”，“盖兼取东方光明及前途无量之意焉。”爱国之情，救国之心皆溢于言表。学院成立后，广收“四方思想不同、派别不同的有志青年”，其中有相当一部分学生来源于为反抗封建压迫而退学的南洋公学学生及解散了的爱国学社的部分学生，因此学生中的爱国精神和民主意识特别强烈。学院院章上规定：“教师上课，不谈宗教；学生在院，不谈政治。”前者严格执行，后者形同虚设。马相伯不仅对当时在校学生中的著名革命党人马君武、邵力子、刘成禺等人十分爱护、器重，自己在某种程度上也参与了政治活动。他主动将因诗稿《半哭半笑楼》讥讽时政、倡言革命而被清廷通缉逃到上海的青年举人于右任招入震旦，以“刘学裕”之化名注籍并特免其学费。当于右任表示恐累及学院及马相伯本人时，马相伯坦然道：“余以国民一分子之义务，为子作东道主矣。”当时的震旦，马相伯为救国而办学教书，学生为救国而学习读书。后来为反抗帝国主义的文化侵略而全体罢学离校，虽属创举，实非偶然。复旦成立后，校园内更是革命精神弥漫。同学多富于革命精神，关心时事，每周的中文作文，较多论及当时时局政治、实业问题。于右任在办民呼、民吁报时，往往择其优秀者，作为该报社论发表。读书与救国，成为复旦师生心目中不可或缺的两大责任。当时舆论认为复旦是革命党的产生地。