上述所介绍的费用一效益分析，适用于费用和效益都可以用货币单位计量的项目。但是对于环境、安全、卫生和教育等项目而言，其效果主要体现在提高健康水平、挽救生命、改善环境以及提高知识水平等方面，而这些效果大多难以用货币单位量化，或者只能部分量化，这时若继续沿用费用一效益分析法对此类项目进行经济分析和评价就会引发较大争议。因为，采用费用一效益分析必须对提高人们的健康水平、挽救生命、改善环境和提高知识水平等效果用货币单位量化，而量化方法的不同又导致结果产生很大差异，从而影响到决策的科学性。例如，用人力资本法和支付意愿法估算生命的经济价值，其结果的差别多达十倍以上。为了合理配置资源，必须采用一套有效的分析工具为制定政策提供依据。采用费用一效果分析可以避开不能用市场上价格量化反映的效益技术难题，直接选用适当的自然指标代表项目的目标及其实现的程度，然后与相应的费用进行比较，从而选择最优的方案。这种方法已成为政府投资项目经济分析的一类重要的辅助方法。
2.5基本概念和原理
费用一效果分析是指在确定的控制目标下，分析达到这一目标的不同方法和费用，从而提供方案选择的依据。其基本思想是以最低的费用去实现确定的计划目标，在达到同一目标条件下比较各种方案的费用的大小。费用是指实施某项措施或方案所消耗的全部人力资源和社会资源（通常用货币来表示），包括公共支付和个人支付。.效果是指有用效果，由各种使用价值构成，有满足人们各种需要的属性。确定效果指标，即反映目标实现程度的指标，是费用一效果分析的关键。例如，在武器系统中常用的命中率、可靠性、机动性、速度和回转半径等；在安全卫生系统中常用的存活率、发病率、死亡率和病床周转率等指标；教育系统常用的升学率、毕业生就业率和就业后的薪资水平等。
费用一效果分析首先根据项目的目标选择恰当的效果指标，之后计算各项费用支出，包括直接费用和间接费用。对于效果已明确无误地被确定的情况，从中选择费用最小的方案（这种方法被称为最小费用法）；反之，也可能在给定费用的前提下选择效果最好的方案（这种方法被称为固定费用法）。对于费用和效果均不确定的情况，应该采取费用一效果比指标。费用一效果比具体地将费用和效果联系起来，采用单位效果所花费的费用或每一货币单位（每花费一元钱）的费用所产生的效果来表示（如每延续生命一年所花费多少万元或每花费一万元所挽救的生命数），是费用一效果分析中的一个具有重要参考价值的非经济指标。根据费用一效果比进行项目的比较和选择一定要慎重，必须综合考虑三个方面的因素，即是否能单纯通过增加一种方案的强度来提高其效果？能否把几种方案结合起来提高其效果？为获得方案的边际效果而付出的边际费用是否值得？
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