在我国国有企业制度条件下，政府与企业有着千丝万缕的联系，是很难分开的，而且职能交叉在一起。我国的国有企业是计划体制塑造的，作为计划体制的支点而存在。同时它又是一个基本的行政单元，中央计划要通过企业来实现，政府的行政命令同样要落实到企业这个基层。因此在一定意义上可以讲，国有企业是政府职能的一种替代，或者说是一种混淆。现在很多研究在阐述这一问题时，强调政府职责不规范，管了企业该管的事。其实，企业也同样存在职能不规范的问题，管了不该由自己管的事。这种双重混淆是连在一起的。因此，说国有企业是“企业办社会”倒比较真实地反映了国有企业的本质。所以，在进一步推进国有企业改革过程中，我们要按建立现代企业制度要求，把政企分开作为一项重要内容。
（2）关于治理结构。现代公司企业的一个突出特征就是法人治理结构，所谓治理结构是公司控制权和剩余索取权分配的制度安排，一般以股东会、董事会、监事会和经理层的形式来体现。国有企业改革并要实现制度创新，必须把建立科学的法人治理结构放在首位。法人治理结构是在委托代理条件下发生的，它首先要求委托人即所有者必须明确，而且与法人治理结构相对应，也就是说，只有所有者结构是完整的，法人治理结构才是现实的。
过去，国有企业所有权与经营权高度集中于国家，所有权的惟一性，不可能建立起科学的所有者结构，既没有必要，也没有可能。所以，国有企业的治理结构首先不是“法人”的，其次不是科学的。但是，却是与高度集中的管理体制相对应的，表现为与行政体制的一致性。企业的“治理结构”与政府机构几乎没有两样。政府正是通过这种机构对应，来实现其对企业的管理，而且是纵向的一管到底。企业改制以后，随着所有权与经营权的分开，特别是随着国有企业投资主体多元化的构造，企业拥有“法人财产权”，在此基础上开始构造“法人治理结构”。但是，由于所有者的问题并没有真正解决，所以在改制的国有企业中，既存在着所有者不到位的问题，同时也存在所有者对企业的过多干预问题。根本原因就是所有者结构没有按建立现代企业制度要求首先规范，既影响了公司企业法人治理结构的科学规范，也阻碍了政企分开的进程。
另一方面，从国有企业改制的实际来看，我国正处在体制转轨过程中，新旧体制的交互影响使一些国有企业出现治理“真空”，或治理结构的变形。有专家曾经指出：中国已经进行公司制改革的国有企业，包括一部分上市公司，其公司治理结构被严重地扭曲了，这就是许多企业经营不好的一个重要原因
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