2006年的《刑事审判参考》仍为双月刊，全年共出版6集。设有以下栏目：
案例：选择在认定事实、采信证据、适用法律和司法解释定罪量刑等方面具有研究价值的典型、疑难案例，详细阐明法官对案件的裁判理由，为刑事司法工作人员处理类似案件提供具体的指导和参考。
刑事司法规范及其理解与适用：最新的刑事法律、立法解释、司法解释和其他规范性刑事司法文件，并约请参与相关刑事司法规范起草工作的同志撰写理解与适用文章，说明该刑事司法规范的出台背景、所要解决的问题和适用中应当注意的问题。
刑事政策：最新的刑事司法政策，如最高人民法院院长、副院长在刑事审判工作会议上的讲话，全国刑事审判工作会议讨论的问题。
审判实务释疑：最高人民法院5个刑事审判庭解答在刑事审判工作中具有普遍性指导价值的法律适用疑难问题。
编辑部答疑：编辑部解答读者在刑事司法工作中遇到疑难问题。
法律、行政法规和部分规章：与刑事司法工作密切相关的法律、行政法规和部门规章。
经验交流：地方司法机关制定的刑事司法规范性文件及其背景说明；地方各级人民法院院长、副院长在刑事审判工作会上的讲话，等等。
问题探讨：法律、司法解释的规定不够明确、具体，在刑事司法工作中必须解决的疑难、复杂问题，为刑事司法工作人员处理类似问题提供工作思路。
裁判文书：具有较强说理性，能够体现法官适用普遍的法律规范解决具体案件的智慧的优秀裁判文书。
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