实际上，也许正是伊藤博文的访华，促使守旧势力加快了政变的步伐。对伊藤博文来华访问的疑忌，和担心光绪皇帝借用日本人的势力坐大，至少也是守旧派发动戊戌政变的重要因素之一。戊戌政变以后，守旧势力大肆搜捕维新派，维新派骨干分子谭嗣同、康有为之弟康广仁、御史杨深秀以及军机章京林旭、杨锐、刘光第等六人被处死，号称“戊戌六君子”。其他参与或赞同新政的官员，也纷纷被革职、流放或入狱。然而，伊藤博文迅速授意日本驻华使馆采取措施，保护维新派最重要的人物梁启超、康有为等出逃，并通过外交途径营救刚被光绪皇帝任命为驻日公使的黄遵宪与总理衙门大臣张荫桓等，以图保存中国的亲日力量，维护日本在华利益。康、梁的这一出逃，可谓是惊险重重。
康有为得以出逃是英国和日本共同努力的结果。当时，康有为在光绪皇帝与维新派人士的催促下，恰好在政变前一天离开北京，乘火车到天津。政变后通缉维新派的密旨发布时，康有为刚刚从塘沽港口搭乘英国太古轮船公司的重庆轮南下。守旧势力最初以为康有为尚躲在北京，当即在北京城内进行大搜捕。几天之内，就关闭北京城门两次，停发铁路客车三次，并派出3000名缇骑，在城内大搜数日，还给全国各处发出通缉密电。后来，发现康有为已逃离北京，慈禧太后马上命令直隶总督荣禄派人在天津和塘沽搜捕，又电令山东莱青道道台李希杰、上海道道台蔡均在山东烟台、上海码头布下天罗地网，搜查往来船只，严密查拿嫌疑人物。对于北京发生的惊天之变和临头大祸，康有为在船上浑然不知。轮船经过烟台时，他还悠闲地下船去买梨与杏子，幸好没有被人发现。9月24日下午，重庆轮刚驶到吴淞口外，一个英国人趁乘客还未下船之际，直接迎上来找到康有为，并递给他一张纸条。
康有为接过来一看，上面写着：“你已被清廷通缉，密令就地正法。”康有为大惊失色，急忙写下给家人的遗书和给各位弟子的信。然后，随着英国人登上了泊在吴淞口的英国轮船，免于清政府的逮捕。在英国军舰的一路护航下，康有为乘坐英轮于9月29日抵达香港，留住在香港警察局。但是，留在香港也不是办法，康有为决定向日本政府求救。康有为对身边追随他的学生说：“现在我朋友大隈重信正在日本首相的位置上，他有志于东亚，我想先向日本方面求救。”梁铁君等几位学生都表示赞同。次日早晨，几名康有为的弟子紧急拜见了日本驻香港领事上野季次郎，并递交了一封给日本驻华大使矢野文雄的电报文稿。上野季次郎接过来一看，还是康有为的手书，内容是：“上废国危，奉密诏求救。敬诣贵国，若见容，望电覆，并赐保护。”上野季次郎明白事情十万火急，便直接把电报发给了日本内阁首相兼外务大臣大隈重信。
日本人的行动十分迅速，10月9日，大隈重信与有关方面商量后，复电康有为，同意接受其来日本避难，并商议善后事宜。10月19日，康有为及其门人梁铁君等7人离开香港，乘日本邮船公司的“河内丸”号出发，于10月25日到达日本神户。梁启超的出逃则完全是日本人安排的。戊戌政变发生的时候，梁启超还在北京城内，获悉政变发生以及康有为住过的南海会馆被围的消息，他就急忙跑到日本公使馆求救。去日本使馆前，他试图说服谭嗣同一起前往。谭嗣同坚决不走，慷慨激昂地对他说：“自古以来各国变法，未有不流血而成的。就让我做为中国变法流血的第一人吧”。就这样，谭嗣同血洒街头，成为变法的牺牲者。梁启超跑到日本公使馆后，又出去通知了别人。当日晚，清政府捕快的身影出现在日本使馆门口。
当时在公使馆内的林权助和伊藤博文马上作出反应，决定在清政府还没有严密监视和封锁日本使馆前，急速让梁启超出逃。9月22日，梁启超剪去辫子，穿上西服，在日本领事郑永昌的护送下，悄悄从北京来到日本驻天津领事馆。9月25日晚，郑水昌和两个日本人一起，掩护梁启超秘密乘坐小船出发，准备从塘沽登上日本军舰。不料梁启超此行被清政府发觉，立即有一艘“快马号”汽艇追了上来。不久，清军士兵登上小船监视，而“快马号”则转回天津报告。梁启超乘坐的小船刚驶到塘沽，恰好遇见日本军舰“大岛号”，郑永昌赶快摇帽求助。
“大岛号”早已得到日本天津公使馆的电报通知，立刻接梁启超登上了军舰。而此时，直隶总督荣禄在得到“快马号”的报告后，已经派提督聂士成带兵赶到塘沽，准备截获梁启超，结果差了一步，清军只能眼睁睁地看着“大岛号”冒着黑烟远去。10月3日，日本首相大隈重信得到驻华使馆的报告后，立即回电准许梁启超到日本避难。海军大臣西乡从道下达命令给“大岛号”军舰：直接将梁启超送至日本。随后，梁启超来到日本广岛，于10月20日到达东京。一周后，康有为也从神户乘火车抵达东京，梁启超到新桥车站迎接。经过了九死一生之后，中国维新派的两位核心人物总算又在日本重逢了。
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