青年学生思想活跃，求知欲强，他们在20世纪初社会风气渐开的历史条件下，在吸纳、接受着新知识武装的同时，也在思想上与上述阵营增加着分离与疏远。而受盛宣怀指派前来管理南洋公学的历届校务管理人员，则一个比一个保守，一人比一人迂腐，从而导致校内新旧两种观念的冲突与矛盾愈演愈烈。终于在1902年10月，以南洋公学第五班教习郭镇瀛与学生的冲突为爆发点，引发了南洋公学学生集体退学的事件。
这次事件已不仅限于南洋公学内部，它其实是中国近代教育史上最早出现的学潮，是新旧阵营的斗争在教育领域的较量与表现，对这～事件的漠视将是对社会潮流的麻木与对新思想的冷淡。就在近二百名学生为了学术和思想的追求破釜沉舟，毅然决然地离开南洋公学，徘徊在十字街头的时候，以蔡元培为首的中国教育会向他们敞开了大门。他们多方筹集经费，为退学学生另办了一所学校，名为“爱国学社”，与中国教育会合署办公。整个过程蔡元培可谓呕心沥血，与此事善始善终。事件发生时，蔡本人还在南洋公学兼任教职，为表示对退学学生的支持，毅然与学生共进退，在学生退学的同时也辞去了在南洋公学的教职，前往南京为爱国学社筹款。人已到了码头，有人追来，报告蔡元培说其长子阿根因病亡故，蔡元培抑制住丧子之痛，将儿子的后事托付教育会的同仁料理，还是照原计划踏上了前往南京筹款的旅途。吴稚晖属性情中人，这样气质性格的人是不会无视细节的。所以他深服蔡元培的风仪与为人。在蔡元培主动出任爱国学社的总理之后，吴稚晖也欣然承担了学监一职。这可不是什么美差，不仅与所有教务人员一样都是尽义务，不取分文报酬，而且还要负责学社里学生的学业与生计维持。但蔡元培也好，吴稚晖也罢，他们觉得这份责任义不容辞。
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