韦尔多派是基督教原教旨主义的一个派别，开始被称为“里昂穷人派”，后来因其创始人彼得·韦尔多而得名。他们通常被描述为新教改革前一种福音派基督教的代表。他们成功的一个重要原因是他们使用了由韦尔多本人翻译的法文《福音》，该书构成了他们教义的基础。从它建立起的几个世纪里，他们公开谴责教会的腐败和聚敛财富并与之进行斗争，他们的崇拜回归到一种非常简化的形式，拒绝教士的权威以及正教崇拜的一些内容如洗礼、对圣徒和殉道者的崇拜、及必须有可供朝奉的昂贵的大型神庙。最近有人把他们描述成“由于教会权威的无能而沦为异端的未遂宗教改革运动。”
从后来发生的事件看，韦尔多派及韦尔多本人的命运很有讽刺意味。1184年韦尔多被卢修斯三世绝罚，而仅过二十年英诺森三世于1206年11月19日颁发了被视为建立托钵修会文件的教
皇通谕，敦促神职人虽以韦尔多所采用的方式效仿耶稣的清贫及流浪布道。韦尔多受责而法兰西斯得到鼓励，这似乎是命运的嘲弄——因为韦尔多派与二元的卡塔尔派不是同等意义上的异端。其实多米尼克会和法兰西斯会的产生是因为英诺森三世的远见，他看到了他们有可能成为讨伐异端力量的潜在价值。
两个思想与追求相似的人却在历史上有着截然不同的评价，这说明了十二世纪末的动荡和变化莫测。在宗教裁判所的手册和审判记录中，韦尔多派常与卡塔尔派相提并论，其他小异端派别则随意地与它们联系在一起，其实两者间几乎不可相比。
然而在活动上，韦尔多派得到了比卡塔尔振更大的自由。他们被准许隐退到皮埃蒙特和阿普利亚南部城市，至今仍活跃在那里。在波希米亚，他们为以后约翰·胡斯的改革派异端铺平了道路，被十六世纪新教辩护士所采纳，成为宗教改革的先驱。
经过八个月的监禁之后，开始了在鲁昂城堡内进行的长达六天的达克审判案审查。随后在她的监室里进行新的审问，由戈雄主持：有权参与此案的六十名陪审员中，每次审理从不超过
六人在场，而每次要求必须出席的也只有十四名。接着开始了主教审判，达克无可挽回地陷进了被费伯称作“检查官恶毒的语言迷宫”。七十条的起诉书中第一条宣布主教戈雄有资格审判
她：如果达克同意，就等于她为自己安排了死刑；如果她反对，不能接受戈雄的司法权，她就会被当做异端受审。因此，从重要性的意义上说，其他六十九条都无关紧要；精心设计的指控如与魔鬼缔约、发异端言论、从小就开始从事巫术及穿着像男人等等都是多余的。
在起诉过程中，副审判官让·莱·麦特起着次要的作用。1431年2月19日在正式预审第二次会议上，专门提及他的缺席，主教即命令传他到席。两天后，莱·麦特对传唤作出如下答复，“他受命管辖鲁昂市及其教区。由于本案由主教审理，并非属鲁昂教区管辖之案而带有外埠性质，他本人怀疑是否应参与此案……然而为使本案不至无约束力而显空白，为解除良心上的负担，他愿意出席审判，因为他有宗教裁判权”。3月4日宗教法庭庭长的一封信命令这位明显不情愿的麦特行使代理主教之权，“涉及一位名叫—冉的妇女，人称圣女”。根据基舍拉（Quicherat）在审判案卷的介绍中所说，让·莱·麦特从3月13日开始参与此案。但是审判文件开头又重复声称戈雄主教和让·莱·麦特负有同等责任。
这种歪曲在达克审判案以及生活的最后几个高潮日子里同样明显。当5月24日达克在悔过书上签名被判终身监禁后，宗教裁判所审判官到她的监室探望她并获得她的保证说她要放弃男人的衣着。接下去几天她受到虐待，并有英军士兵不断企图强奸她；28日她拒绝穿女性服装，并声称又听见自己的“声音”了。至此她被看作重新落入异端。但是对她处死的过程很复杂，而且非常仓促，这与宗教裁判所通常庄严的审判过程相当不同。显然她的故态复萌与整个审理过程一样是有人设计操纵的。1431年5月30日早晨7点她被判绝罚，而同一天上午同样神速地被处以火焚。
但是对她的审判与处决产生了重要的后果，宗教裁判所在其中起了关键的作用。1449年法国的查尔斯七世国王进入刚从外国统治下解放的鲁昂城，命令重新审理达克案，声称“我们要知道此案真相并要知道审判过程是怎么进行的”。“明显查尔斯对她的无辜是深信不疑的，而且他——像许多在乎反审判中作证的鲁昂市民一样——深信英格兰人负有责任。亨利·理揶揄地评论说他下令调查是因为“他的皇位受助于被教会审判处死的巫女，这有损于法国国王的尊严”。是达克指出他是法国王位的真正继承人，而且在她二十年前开始戏剧性的军事生涯时就把她的事业与这位年轻的多芬联系在一起。
法国宗教法庭庭长，多米尼克会的让·布列哈（Jean Bréhal）被说服带头重审，宣布原审判无效。1452年开始了教会调查，确定原审判的准确原因及其他进行情况，真正的重审于1455年开始。此次整个过程由该法庭庭长亲自监督，非常感人的重审在巴黎圣母院内举行，在场主持者有布列哈和由教皇指定的三名特别专员中的两位。圣母院拥挤不堪，审判记录说“所有在场者为她欢呼”，开审仪式几乎演化成支持达克的骚乱。
让·莱·麦特不愿参与而布列哈在乎反审判中一直支持并极力推动，这个对比很重要。在一年多的时间里，他主持审判，并在详细的神学辩护论据中起着至关重要的作用。雷吉娜·佩尔努（Régine Pernoud）细致描述其作用后作出如下评论：
人们对布列哈工作的承认并非都触及其真正的价值……事实上，如果有人拨冗哪怕粗略地遍读一次，他就会发现自己在读的是一部逻辑严密富有才智的著作。无论是达克的回答还是法官的断言，每个有疑问或是有争议的问题该著作内都根据教会神父及神学博士的条规进行了系统的讨论。著作内还引用了这些人的九百多条语录；涉及法律和程序各点情况亦然。
莱姆斯大主教于1456年7月7日正式宣布法庭决定，这赋予布列哈的胜利神圣不可侵犯的特性，这一切表明宗教裁判所高层人员中的高度学术水平。具有讽刺意味的是，推翻对达克的指控并最终导致她于1920年被迫谥为圣女的彻底平反是法国宗教裁判所最后的一次重要行动。经历了两个世纪多暴戾镇压后，宗教裁判所的临终颂歌是推翻不由其真正负责的对异端指控。这要在早些时候是不可想象的。用查尔斯·莱博蒂（Charles Lightbody）的话说，“达克的平反也许可以看作是对法国宗教裁判所的致命打击，尽管平反案的法官尽量努力对该机构手下留情……”
十五世纪法国的异端活动并没有停止，但是宗教裁判所在政治上再也没有理由能保证其获得世俗权力的支持。
十六世纪，与外国异教徒之战的对象是路德教，任何宣扬类似异端教义的教派很快就被消灭。后来的对手包括詹森派信徒，尤其是耶稣会的敌手；即使在耶稣会因反对查尔斯三世于
1767年被赶出西班牙之后宗教裁判所仍继续迫害詹森派。源自启蒙运动影响下的法国的思想被无情地消灭了。
当1730年代共济会开始迅速扩大、在整个欧洲建立了新的分会时，它在矢主教教会内部引起了恐慌，其程度几乎与几个世纪前卡塔尔派产生的恐慌相等。1738年4月28日，克莱蒙十二世在罗马颁布反共济会的法令，由宗教裁判所审判官彼特·洛莫拉提乌斯（Peter Romolatius）发表。它的全名是“谴责共济会，依据事实处以绝罚，除非死亡其赦免权只保留给教皇”。在该法令里共济会成员被描写成一伙“像贼一样破门入户，像狐翠一样试图把葡萄园连根拔除”的人，使用的几乎都是《圣经》的语言，其意义表明他们代表着一种对天主教教会霸权的严重威胁。法令继续说：
余等进而颁令，各大主教、各高级教士及各地教区主教，无论其国家、地位、条件、教阶、身份或名望，应与普遍受托的异端堕落之宗教裁判官一起，对严重犯有异端嫌疑的同色人等严惩不怠，予以起诉、审问、羁押及强制。
以中世纪教会语言表达的这个法令立刻见效：罗马分会干事于1737年8月20日主持了该分会的最后一次会议后，即被宗教裁判所监禁，其罪名是“对他人构成威胁”；在佛罗伦萨，一位名叫克鲁代利（Crudeli）的人被宗教裁判所逮捕、囚禁并用刑，对他的指控是为一共济会分会提供场所。西班牙宗教裁判所紧步后尘，对西班牙和葡萄牙的共济会加强了警惕。1742年一名叫詹姆斯·穆顿（James Mouton）的法国共济会成员和一名瑞士裔英国人约翰·库斯托斯（John Coustos）在里斯本被捕。宗教裁判所在其相对不太活跃的时期极尽所能对付这个新的敌
人。当1751年颁布新的教皇通谕补充克莱蒙法令的规定时，一名叫彼特·托鲁比亚（Peter Torrubia）的西班牙宗教裁判所审判官巧妙地讨好共济会。当年他就获准入会，留会之久使他完全熟悉了共济会礼仪及该分会资助人的名字。“由于不能以任何不法行为来指控他们，他没用任何借口就点名惩罚97个分会的成员；他自己既是起诉者，又是证人，又是法官，所有人都被送上刑架受尽折磨。”
指控共济会最大的罪名是因其是一个秘密会团，因而有“玄教异端”嫌疑。这个似是而非的指控出自一个所有组织中最为秘密、简直就是玄教性质的机构，它的出现迟于以下条款规定，即“在已被定罪的事宜上，保密誓词因已被定罪而变得无效，失去其承担的义务”。对共济会的迫害反映了西班牙社会内部深深的恐惧和变化不定，而不是共济会真的构成什么危险。
展开
