卡尔卡桑沦陷后，十字军因分赃不均发生内讧。有些人离开朗基多克回家去了。为了使蒙福尔留在朗基多克，英诺森许愿把图卢兹伯爵的部分领地分给他，并命令全体教士把没收的异端者的珍宝交给他。蒙福尔对这些施舍不满足，借口根绝异端而继续洗劫朗基多克的城市和乡村。但雷蒙在图卢兹立定了脚跟，同英诺森三世展开了复杂的斗争。教皇坚持由伯爵亲自根绝异端，否则就剥夺他的领地，并把他本人作为异端者审判。雷蒙答应照办，但实际上对迫害异端却仍不热心。蒙福尔根据教皇命令企图占领图卢兹，但没有得逞。雷蒙得到阿拉贡国王佩德罗的支持。后者想保留图卢兹伯爵领地作为他和法国国王领地之间的缓冲地带。但法国国王没有袖手旁观，他积极帮助蒙福尔彻底打败了雷蒙，迫使他逃往英国。佩特罗则在抵抗蒙福尔的进攻时战死疆场。就这样，十字军把法国南部的“异端教派，幸福，繁荣和文化一起都给根绝了”。
阿尔比派及其保护者终于被镇压下去。罗马教廷弹冠相庆。不仅如此，英诺森三世还铲除了教皇领地内的巴塔林派，迫使庇护异端者的公社屈服，整顿了“秩序”。数千名异端者被逐出罗马，失去财产和生活资料。不屈者则血染刑场。然而，这一切并不能消除损害教会机体的根本缺陷，并不能掩盖教会内部的不睦和纷争，更不能彻底解决异端问题。经验向罗马教廷表明，异端者随时随地都有，但是教廷不可能保持一支常备的十字军。必须有一种系统的制度，必须有一个能够严密监视并立即扑灭不论何时何地冒出来的异端者的强有力的机构。果然，在英诺森三世为了讨论教务问题而于1215年召开的第4次拉特兰公会议上，这个问题提到了日程上。这次会议的参加者有，除了十字军占领的君士坦丁堡和耶路撒冷大主教之外的71名大主教、412名主教、800多名神父和修道院长，许多缺席主教的全权代表，以及欧洲各个国王的代表。会议讨论的重要问题之一，是根绝异端和安慰灵魂。
这次会议最值得注意的，是通过了向异端斗争的决定（第三条教规），责成世俗和教会当局始终不渝地迫害异端者。这就为建立宗教裁判所提供了法律根据。决定分别规定了教会对异端者、异端嫌疑者和支持者的镇压措施，以及世俗政权和各级主教在同异端斗争中必须承担的义务。
关于异端者，决定说：“予等开除反对正统天主教神圣信仰之任何异端之教籍，处以绝罚……予等谴责无论属于何种教派之一切异端者；彼等虽面貌各异，但彼此交通，出于虚荣心彼等皆结为一体。凡受判处之异端者，应交付世俗政权或其代表，处以应有惩罚。教士将事先撤职。受判处之俗人财产将予没收。教士财产则归发给彼等薪饷之教堂。”
关于异端嫌疑者，决定说：“一般异端者如不能证明己之无辜，推翻对彼等提出之控告，则将处以绝罚。如受绝罚满一年，而彼等不能在此期限内用彼等之行为证明可予信赖，则以异端者审判之。”
关于支持异端者，决定说：“凡赞同异端者信仰，向彼等提供避难所、帮助和保护彼等者，予等将开除其教籍，并宣布，如一年内不放弃其极端有害之观点，则将自动宣布为无人格者，失去担任任何公职或选职，即当选此等职务之权，并失去担任证人之权。此外，彼等将失去遗嘱权和继承权。任何人将不受对彼等之任何义务束缚，而彼等对第三方之义务则予保留……至于有不服从教会命令并同异端者保持联系者，则在改正以前将被开除教籍。教士将拒绝此等顽固分子参加圣餐礼，不准向彼等提供基督教墓地，拒绝彼等之施舍和捐款，若不遵守此项，则该等教士本身将失去职务，直至蒙圣座宽恕后方能复职。……”
关于世俗政权，决定宣布：“世俗政权无论所处地位如何，如愿忠于教会并自认忠于教会，在保卫信仰上给予合作，以武力从彼等治理之境内驱逐教会宣布之一切异端者，则各该政权应（对异端者）警告、呼吁并在需要时处以教规之惩罚。今后任何人就任世俗职务时应宣誓承担此种义务。如有世俗统治者经教会警告并要求彼采取措施反对异端者，而仍对清除本境内之此种异端传染未表现出应有之热心，则该统治者由大主教或其副手处以开除出教处分。如该统治者在一年内未予改正，即报告最高祭司（即教皇——注），由教皇解除其附庸对彼之服从关系，并宣布其土地由虔诚之天主教徒自由占领，此等教徒在驱逐异端者后有权占有他们，以保证该地区信仰之纯洁。如该统治者不抵抗或不阻止此种行动，则保留彼等对此等土地之权利。此项规则亦适用于无统治者之地区。凡参加反异端者十字军之天主教徒，享有与帮助解放圣地者同等之赎罪符和神圣特权。”
关于各级主教，决定说：“每个大主教和主教如知所辖教区内藏有异端者，须亲自或由副主教，或由其他可靠人士每年巡视一至二次。彼等在认为有需要之地，可委派两名或两名以上经过宣誓可信任之人，调查全体居民，并向主教报告谁是异端者，谁参加秘密集会，及其平时越出信徒行为所具有之习惯。主教应传讯被告，被告如不能证明未犯对彼等所控告之罪，或旧病复发，则应按教会法规予以惩罚。凡罪恶地坚持违背所作宣誓或拒不宣誓者，则将被宣布为异端者。予等希望、宣布并命令全体主教，彼等如欲避免教会法规之惩罚，即应按彼等之誓言严格听从教会命令，密切注意在彼等所辖教区实现如上措施。如主教对根除本教区内已具征兆之异端风潮稍示怠忽，即予撤除主教之职，由能够根除异端并充满热心者接替之。”
会议的这一决议，无可辩驳地证明了教会对迫害异端负有不可推卸的重要责任。这次会议通过的上述第3条教规的引文，明白无误地指出，教会责成一切世俗统治者必须迫害异端者，否则他们将自身难保，有被开除教籍和剥夺领地的危险。在铁的事实面前，那种强说教会对世俗政权迫害异端者毫无责任的谎言，是不攻自破的。这次会议还责成每个信徒每年至少向本教区神甫忏悔一次，并至少要在复活节进圣餐。教民如不履行这些仪式，就将彼宣布为异端者，并不得举行教会的葬仪。所谓忏悔，显然是鼓励告密的一种手段。而圣餐或者葬仪，则是为了压服信仰动摇的人。从拉特兰公会议的决定中可以看到，一个遍布基督教世界的、能够随时随地动用僧俗权力镇压异端者的机构已经呼之欲出了，这就是宗教裁判所。
值得注意的是，这次拉特兰公会议还讨论了同后来宗教裁判所的全部血腥事业关系极大的另一个重要问题，这就是改组旧僧团，它导致了在镇压异端中起了重要作用的多明我会、方济各会的建立。英诺森三世及其追随者们深知，异端流行的一大原因，是教士道德威信一落千丈，尤其是老的僧团腐败堕落。大多数信徒视这些僧团的代表人物为猎取羔羊的饿狼。另外，各修道院一般说来与其说服从罗马的意志，不如说更服从本地领主的意志。教廷当然难以指靠这些修道院支持并帮助它同世俗政权争夺权势。这次会议通过了授权教皇改组现有僧团的一系列决定，并自然地预示着另一个后果：建立不依赖本地教阶制和封建领主而直接听命于教廷并完全按其意志行事的新僧团。因此，虽然这次会议禁止设立新僧团，但1216年即位的新教皇洪诺留三世很快就批准成立了传教士“乞食僧团”。
这个新僧团的创立者，就是积极参加镇压朗基多克阿尔比派的西班牙奥古斯丁派教士多明我·德·胡斯曼（1170—1221年）。多明我的特点是对教廷的愚忠，属于那种为了“神圣事业”而不惜犯任何罪行的冷酷的狂热分子。伯特兰·罗素说，多明我，的特点是更喜欢同少妇而不是老妪谈话。多明我正确地看到，阿尔比派的力量在于他们拥有教士们已经丧失的宣传才能，何况他们能够背诵早就被教士们忘得一干二净的教会经文。1214年，他向英诺森三世建议成立一个专干查明和揭露异端者、保护教廷不受异端者批评的新僧团，并为教皇所同意。1216年，
洪诺留三世正式建立了这一僧团。它的成员白衣芒鞋，外表上像“纯洁派”的完人。多明我派标榜保持亦贫，以巩固他们在信徒中的威信。这一僧团好像严格中央集权的军事组织一样，直属罗马领导。多明我会是“罗马教会常备的使徒军队”，是“真正信仰的警犬”。它的标志是一头口衔熊熊燃烧的火炬的狗。该僧团成员按照其创立者的名字多明我的谐音（Domjnj Canes），自称为“主的猎犬”。为了标榜这个在镇压异端中立下“丰功伟绩”的僧团创始人，多明我死后十三年，即1234年，被罗马教会追谥为“圣徒”。
托克马达——地狱之王
G．隆格费洛在献给西班牙第一任最高宗教裁判员托克马达的诗中写道：
在恐惧得麻木不仁的西班牙，
君临着费迪南德和伊莎贝拉，
而大宗教裁判员用铁腕钳制国家……
他像地狱之王一样残酷，
大宗教裁判员，
托克马达。
托马斯·托克马达作为首任总宗教裁判员，主持西班牙宗教裁判所达18年之久，是这架安排得非常严密的血腥机器的真正创造者和铁腕人物。
托克马达残酷无情，阴险狡猾，刚愎自用，加上伊莎贝拉和费迪南德的无限信任，使他成了西班牙名副其实的独裁者。
托克马达生平追求的主要目标，是消灭他认为犯有背教罪的新基督教徒。无论是他的牺牲品，还是他的信徒或崇拜者，在他面前都同样战战兢兢。他有一副谦恭的道貌岸然的外表，但内心却充满着无限的虚荣心，充满着对荣华富贵的渴望，充满着不可遏制的权势欲。他自以为是天命的工具，因而不爱任何人，不相信任何人，随时都可以心安理得地剥夺别人的生命。
托克马达在1491年炮制的拉瓜迪亚杀害“圣子”案，是他创造的迫害“新基督教徒”的典型方法，后来，它成了不同国家不同剥削制度下反复使用的挑衅手法的标本。1490年6月，落入宗教裁判所魔掌的“新基督教徒”贝尼托·加西亚在严刑下招认，他同其他5名“新基督教徒’’和6名犹太人合谋反对基督教，为了使这一罪恶计划得到成功，他们似乎决定害死拉瓜迪亚村某个基督教徒的儿子。这些阴谋者抓走了这个孩子，先是折磨他，然后挖出他的心脏。其中有一个阴谋者企图拿它来炼制能够用来消灭宗教裁判所和整个基督教的魔力饮料。他们在受刑后招认了自己的罪行。1491年11月16日，除了毙于刑下者外，其他人在阿维拉被处决，
其中犹太人被活活烧死，服从教会的新基督教徒则先绞死再焚化，死于刑讯的3个人则代之以焚烧模拟人。
据略伦特统计，托克马达18年的“劳绩”是：10，200名受难者被活活烧死，6，860人死后或缺席判处象征性火刑，97，321人受到凌辱和开除公职及名誉职务。这种野蛮处决共使114，400个家庭永远毁灭。其中还不包括因同犯人有牵连而或多或少分担不幸的人，以及作为亲友对不幸的受难者遭受严厉措施感到悲伤的人。有些人认为，略伦特的数字有夸大，被托克马达烧死的不是1万人，而是5千人或4千人。但是应该指出的是，略伦特是宗教裁判所的秘书，他的著作是根据西班牙宗教裁判所的档案写的。何况，即使把托克马达烧死的人减少为4千人或5千人，难道改变得了这个刽子手和整个西班牙宗教裁判的罪恶本质吗？
托克马达不仅是西班牙宗教裁判所的组织者，而且也是它的理论家。正是他主持制定了包括28条的宗教裁判所法典（《须知》）。参加制定这一法典的有当时西班牙最著名的神学家，甚至还有伊莎贝拉和费迪南德。这一注明在1484年制定的文件概括了教皇关于追究异端者的指示，以及西班牙和其他国家“神圣”法庭的经验。托克马达法典的基本原则是：宗教裁判所是审理异端者案件的初审和终审级秘密法庭，它的判决是不准重新审理的终审判决。凡被宗教裁判所控告为异端寄而不承认自己有罪的人，必须开除出教，移交给世俗法庭烧死。这种被指控为异端者的人只有彻底认罪，供出同谋，抛弃异端观点，服从“神圣”法庭的意志，才能免遭火刑的苦难。这一法典对被告的侦查和审判没有规定任何期限。宗教裁判所有权无限期预押它的牺牲品。由于这一规定，犯人往往在宗教裁判所的囚室蹲上成十年而尚未作出判决。例如，教士荷塞·布农·德贝尔蒂斯在1649年被捕，1656年死在狱中，而对他的案件却没有作出任何判
决。多明我会修士加夫里埃尔·埃斯科瓦尔在狱中忍受了15年折磨，至死都没有受到宗教裁判所的判决。托克马达法典曾多次充实了新的细则，但它的本质却始终如一。这一法典授予了宗教裁判员无限权力，他们只向总宗教裁判员和最高宗教裁判所报告，而后者则仅仅对国王负责。
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