（二）在宗教事务管理方面，首先确定以金瓶掣签方式确认达赖喇嘛、班禅额尔德尼和各主要活佛的转世灵童；各大寺庙堪布活佛入选，得由达赖喇嘛、驻藏大臣及济咙呼图克图（即摄政）等协商决定，并发给加盖上述三人的印章之执照；达赖喇嘛所辖寺庙之活佛及喇嘛，一律详造名册备案；青海、蒙古王公前来迎请西藏活佛，须由西宁大臣行文驻藏大臣，由驻藏人臣发给通行护照，并行文西宁大臣，以便查考。活佛外出也须领取护照，否则即予惩罚。
（三）在财经及税务管理方面，铸造乾隆宝藏，并加强货币管理；驻藏大臣审核达赖喇嘛和班禅额尔德尼商上用度；减免后藏遭受战祸各地人民的赋税差徭；规定货币兑换数额；交易要公平；由驻藏大臣和达赖喇嘛协商负责免役、免税执照之颁发；活佛及喇嘛之俸银不得提前预支；百姓交给政府的赋税、地相及物品不得提前征收，或转嫁加重百姓负担。
（四）在军事方面，建立正规的地方部队（藏军），分驻前后藏各要地，设官统领；规定代本、如本、甲本、定本等军官管辖兵员数额及升降制度；建立军粮武器装备的供应制度；驻藏大臣分春秋两季出巡前后藏各地并检阅军队；以工布为基地制造军火，并新增火炮，加强防卫力量。
（五）在外侨、外贸及外务管理方而，对来藏的尼商、克什米尔商人等限定次数并加管理，达赖喇嘛派往尼泊尔的工匠或朝塔人员，须由驻藏大臣签发路证，限期返回；在西藏与廓方（即尼泊尔）邻近要地树立界碑，加强巡逻；达赖喇嘛与外番的往来信函，驻藏大臣应详为查看；在济咙、聂拉木两地抽取的进出口税，不经驻藏大臣同意，不得私自增加税额。
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