全书将分两辑出版。
第一辑所收子书兴舊本诸子集成略同，是一般研究者经常要阅读或查考的书。每一种都選擇到目前为止较好的注释本。极少数尚無注释本的，另行注释。有的书兼收数重各具优长的注本。为保持體例基本一致，除個别书外，一般只收用文言或淺近文言撰写的注本。
第二辑收集了第一辑之外的其它子书。其中大部分没有现成注本，凡有必要进行注释的，應加注释，其馀的選擇较好的版本进行點校。这一辑中有不少是殘阙或散佚的书，整理时區别不同情况，有的選取较好的现成辑本，有的要进行補辑或重辑。
子书中有一部分是为书或被懐疑为僞书。凡产生时代较早，在歷史上發生过一定影響，对研究某些问题还有一定参考价值的，擬酌量選入。
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