《长江流域水生生物多样性及其现状》的研究依托“长江渔业资源与环境调查（2017—2021）”项目，全面完成长江干支流及附属湖泊的水系多样性现状、渔业生态环境现状、鱼类栖息地现状、渔业资源现状的调研，并对长江鲟类、江豚种群动态、现状及保护措施，以及水生/湿生植物、浮游生物、底栖动物现状及遗传多样性等进行了深入考察。并针对长江流域渔业资源及生态环境发生的变化，提出了长江渔业资源保护与利用措施。

第1篇长江流域水生生物生境多样性
　　第1章长江水系多样性
　　长江水系是指由长江流域内所有河流、湖泊、水库等水域组成的水生态系统。长江水系无论是流域面积、水量还是长度等都居于中国*位，是我国的**大河，它发源于青藏高原唐古拉山脉各拉丹东雪山的西南侧，注人东海，全长约6300km，流域面积约180万km2，占中国国土面积的18.8%。本章重点阐述了长江流域从河源区至长江口区各水系的基本概况，包括流域范围、流域面积、水系构成、重点水系的水生境分布与变化等；分析了长江流域的河流、溪流、地下河、湖泊、湿地、河川水库、消落区、河口和滩涂等的各类型水域的基本情况及其环境特征。
　　1.1长江流域自然与社会发展概况
　　长江流域地形复杂多样，涵盖了高原、山地、丘陵和平原等多种地形类型，孕育了丰富多样的生态系统。自然环境丰富多样，气候从高原亚寒带到亚热带湿润地区变化显著，形成了丰富的动植物资源。据不完全统计，长江流域有淡水鲸类2种、鱼类443种、浮游植物1200余种（属）、浮游动物753种（属）、底栖动物1008种（属）、水生高等植物1000余种。流域内分布有白暨豚、中华鲟、长江鲟、白鲟、长江江豚等国家重点保护野生动物，圆口铜鱼、岩原鲤、长薄鳅等特有物种，以及“四大家鱼”等重要经济鱼类。目前，长江流域巳建立自然保护区、水产种质资源保护区332个，其中***自然保护区12个，***水产种质资源保护区250个。
　　长江流域面积不足全国总面积的1/5，而生存人口超过全国总人口的1/3。其中四大城市重庆、武汉、南京、上海与众多中小城市比肩林立形成著名的经济带、资源带与产业带。作为经济带，其广义上包括了上海、浙江、江苏、安徽、江西、湖北、湖南、重庆、四川、云南与贵州等11省市，总面积为205.23万km2，占全国陆地面积的21.4%。从经济总量上看，长江经济带11省市近5年年平均地区生产总值占全国的比例均达到46%以上，并在绿色发展理念的指引下，长江经济带的国内生产总值（GDP）逐年上升，经济规模持续扩大，发展势头强劲。作为资源带，长江上游穿过青藏高原、云贵高原、四川盆地和川鄂山地等峡谷型河段；中游流经两湖平原；下游通过皖苏平原，如网的支流、多样的地形，使长江流域内具有丰富的水资源、矿产资源和生物资源。长江流域多年平均水资源量近1万亿m3，总量占全国的36%，居全国七大江河之冠；水能资源约占全国的40%;年发电量约1万亿kW.h，占全国的48%;矿产资源109种，在38种主要矿产中，储量占全国总量60%以上的就有13种。作为产业带，它既是我国的粮棉基地，又具有以现代化工业为主导的产业体系，是我国重要的冶金、建材、汽车、石化工业基地和高新技术产业集中带。
　　然而，快速的经济发展和人为活动的显著影响，导致长江流域水生生物多样性急剧降低。例如，长江流域长期围湖造田、挖砂采石、交通航运及干支流部分巳建、在建水电站，压缩了水生生物生存空间，导致水生生物栖息地破碎化；污废水排放导致部分水域水污染问题突出；外来人侵物种种类数量不断增加，影响范围不断扩大；过度捕捞加剧渔业资源衰退，主要经济鱼类种群数量明显减少。总体而言，长江流域水生生物多样性正呈现逐年降低的趋势，上游受威胁鱼类种数占总数的27.6%，重点保护物种濒危程度加剧，白置豚、白鲟、鲥巳功能性灭绝，长江江豚、中华鲟成为极危物种。
　　1.2长江水系概况
　　长江流域跨越我国地势三大阶梯和6种气候类型（Sayre et al.，2020），海拔从河源区河流的平均5700m至长江口的平均-15m[采用Shuttle Radar Topography Mission(SRTM）30m digital elevation model(DEM）数据处理获得，https://www.usgs.gov/centers/eros/science/usgs-eros-archive-digital-elevation-shuttle-radar-topography-mission-srtm-1，DEM为数字高程模型]，巨大的落差使其形成了由穿越高原夷平面的、峡谷的、丘陵的、平原的各种类型河段构成的，包含了河流总长度约28.8万km的由沱沱河、通天河、金沙江、长江等干流，雅砻江、岷江、嘉陵江、汉江等4个一级支流，大渡河、乌江、沅江、湘江、赣江等5条二级支流，以及60条三级支流和524条四级支流等（传统河流分级系统下）组成的（由Open StreetMap获得，https://download.geofabrik.de/），以及由鄱阳湖、洞庭湖、太湖、巢湖、洪泽湖等众多湖泊所构成的庞大水系（图1.1）。
　　水系作为流域的一部分，其特性归根结底是由流域的特性决定的(钱宁等，1987）。表1.1列出了与流域形态特征有关的各种因素，表1.2中对应长江流域各种因素的分析结果。较早的**研究中巳揭示了流域中的很多特点均与流域面积有关（Strahler，1964;Gregory and Walling，1973;钱宁等，1987）。长江流域也呈现出这些特点，如图1.2所示的长江流域长度、流域高差与流域面积的关系。数据分析表明，沿长江干流的长度（&）与沿干流不断延伸的流域面积（3）之间存在如下关系：

目录
第1篇 长江流域水生生物生境多样性
第1章 长江水系多样性 3
1.1 长江流域自然与社会发展概况 4
1.2 长江水系概况 5
1.2.1 河源区 12
1.2.2 金沙江及雅砻江水系 13
1.2.3 岷江及大渡河水系 14
1.2.4 长江上游干流及其支流 15
1.2.5 嘉陵江水系 16
1.2.6 长江中游干流及其支流 16
1.2.7 汉江水系 18
1.2.8 洞庭湖及其“四水” 19
1.2.9 鄱阳湖及其“五河” 20
1.2.10 长江下游干流及其支流 21
1.2.11 长江口区 21
1.3 各类型水域基本情况及环境特征 22
1.3.1 河流 22
1.3.2 溪流 25
1.3.3 地下河 28
1.3.4 湖泊和湿地 29
1.3.5 河川水库 30
1.3.6 消落区 33
1.3.7 河口和滩涂 34
第2章 长江水系水质及特征元素现状 37
2.1 长江流域水质现状调查 38
2.1.1 调查范围 38
2.1.2 调查与评价方法 39
2.1.3 渔业生态环境现状 40
2.2 长江水系特征环境元素调查 41
2.2.1 长江流域环境元素概况 41
2.2.2 河源区 42
2.2.3 上游区 44
2.2.4 中游区 50
2.2.5 下游区 54
2.2.6 河口区 58
2.2.7 长江流域特征环境元素总体分析 62
2.2.8 研究展望 66
第3章 长江流域鱼类栖息地历史变迁与现状 67
3.1 概述 68
3.2 鱼类产卵场 68
3.2.1 产卵场定义 68
3.2.2 产卵场调查方法 68
3.2.3 四大家鱼产卵场 69
3.2.4 中华鲟产卵场 74
3.2.5 主要经济鱼类产卵场 74
3.3 鱼类索饵场 75
3.3.1 索饵场定义 75
3.3.2 长江上游 76
3.3.3 长江中游 76
3.3.4 长江下游 77
3.3.5 通江湖泊 78
3.4 长江几种典型鱼类洄游需求与洄游通道研究进展 80
3.4.1 洄游型鱼类资源量简介 80
3.4.2 长江干流洄游型鱼类洄游需求 80
3.4.3 通江湖泊洄游型鱼类洄游需求 80
3.4.4 关键鱼类洄游需求 81
3.4.5 过鱼通道概况 81
第2篇 一江两湖七河一口水生生物多样性及其现状调查
第4章 长江鱼类物种多样性及其地理分布和现状 85
4.1 长江鱼类物种多样性概述 86
4.1.1 长江鱼类调查史略 86
4.1.2 长江鱼类物种多样性特点 90
4.2 长江鱼类种类现状调查 93
4.2.1 长江专项调查概况 93
4.2.2 长江鱼类物种组成 97
4.2.3 长江鱼类多样性格局 100
4.2.4 珍稀特有鱼类分布现状 100
4.2.5 长江鱼类历史分布与多样性演变趋势 101
4.3 长江重点禁捕水域鱼类物种多样性特征 102
4.3.1 长江干流鱼类物种多样性 102
4.3.2 大型通江湖泊鱼类物种多样性 108
4.3.3 长江重要支流鱼类物种多样性 110
4.4 长江专项调查未发现鱼类物种评述 115
4.4.1 未发现鱼类物种概况 115
4.4.2 鱼类物种未被发现的原因分析 117
4.4.3 未发现鱼类物种评述 117
第5章 长江鲟类历史与现状调查 119
5.1 概述 120
5.2 中华鲟 120
5.2.1 种群分布及资源量变动 120
5.2.2 保护成效 120
5.2.3 存在的问题 121
5.2.4 保护对策及建议 122
5.3 长江鲟 123
5.3.1 种群分布及资源量变动 123
5.3.2 保护成效 124
5.3.3 存在的问题 125
5.3.4 保护对策及建议 125
第6章 长江江豚种群动态、现状与保护 127
6.1 长江江豚种群历史 128
6.1.1 长江江豚概述 128
6.1.2 长江江豚的历史种群动态 128
6.1.3 长江江豚面临的主要威胁 131
6.2 长江江豚资源现状调查 134
6.2.1 长江江豚的种群调查方法 134
6.2.2 长江江豚的种群现状及趋势 136
6.2.3 长江江豚的分布 138
6.3 长江江豚的保护实践及未来发展趋势 141
6.3.1 长江江豚的保护现状 141
6.3.2 长江江豚保护面临的新挑战 145
6.3.3 长江江豚的保护建议 147
第7章 水生 /湿生植物现状 151
7.1 长江上游 152
7.1.1 概述 152
7.1.2 水生维管束植物现状 152
7.1.3 问题与建议 154
7.2 长江中游 155
7.2.1 历史数据收集情况 155
7.2.2 调查范围及方法 156
7.2.3 调查结果与分析 158
7.3 洞庭湖 164
7.3.1 概述 164
7.3.2 现状调查 164
7.3.3 问题与建议 175
第8章 浮游生物现状 177
8.1 概述 178
8.2 调查时间及样品采集和处理 178
8.2.1 调查时间 178
8.2.2 样品采集和处理 178
8.3 浮游植物现状调查 179
8.3.1 资源密度及生物量 183
8.3.2 优势种属 184
8.4 浮游动物现状调查 184
第9章 底栖动物现状 187
9.1 概述 188
9.2 调查时间及样品采集 188
9.2.1 调查时间 188
9.2.2 样品采集 188
9.3 现状调查 188
9.3.1 资源密度及生物量 190
9.3.2 优势种 192
9.4 问题与建议 192
9.4.1 存在的问题 192
9.4.2 初步建议 192
第3篇 长江流域水生生物遗传多样性及其保护与利用
第10章 长江鱼类遗传多样性研究进展 195
10.1 概况 196
10.2 主要鱼类遗传多样性状况 196
10.2.1 中华鲟 196
10.2.2 胭脂鱼 197
10.2.3 鲢 198
10.2.4 草鱼 199
10.2.5 青鱼 199
10.2.6 鳙 200
10.2.7 团头鲂 201
10.2.8 圆口铜鱼 201
10.2.9 铜鱼 202
10.2.10 长吻 202
10.2.11 鳊 203
10.2.12 异鳔鳅 203
10.2.13 宜昌鳅 203
10.3 威胁长江鱼类遗传多样性的主要因素 204
10.3.1 过度捕捞 204
10.3.2 水利工程建设 204
10.3.3 增殖放流 205
10.3.4 外来物种 205
第11章 长江代表性鱼类全基因组研究进展 207
11.1 概述 208
11.2 14种长江鱼类全基因组研究进展 208
11.2.1 中华鲟 208
11.2.2 刀鲚 209
11.2.3 青鱼 211
11.2.4 草鱼 212
11.2.5 鲢 214
11.2.6 鳙 215
11.2.7 鲤 216
11.2.8 团头鲂 218
11.2.9 黄颡鱼 219
11.2.10 黄鳝 219
11.2.11 长吻 221
11.2.12 南方鲇 222
11.2.13 大鳍鳠 223
11.2.14 黑尾近红鲌 224
第12章 长江鱼类保护与利用成功案例 227
12.1 胭脂鱼 228
12.1.1 分布 228
12.1.2 资源量 228
12.1.3 人工繁殖 228
12.1.4 增殖放流 230
12.1.5 保护区 230
12.1.6 误捕与救治 230
12.1.7 相关研究 231
12.1.8 养殖技术 233
12.1.9 渔药使用 233
12.2 刀鲚 234
12.2.1 濒危等级 234
12.2.2 经济价值 234
12.2.3 分布 235
12.2.4 资源量 235
12.2.5 人工繁殖 236
12.2.6 增殖放流 236
12.2.7 保护区及法律法规 237
12.3 圆口铜鱼 237
12.3.1 研究概况 237
12.3.2 种群分布 238
12.3.3 生物学特征 238
12.3.4 渔业资源 238
12.3.5 鱼类早期资源 239
12.3.6 遗传多样性 239
12.3.7 资源保护 239
12.4 岩原鲤 240
12.4.1 研究概况 240
12.4.2 种群分布 240
12.4.3 生物学特征 241
12.4.4 人工繁殖 241
12.4.5 苗种培育 241
12.5 四大家鱼 242
12.5.1 分类地位 242
12.5.2 资源量 242
12.5.3 人工繁殖 243
12.5.4 增殖放流 243
12.5.5 生态调度 243
参考文献 245
附表1 长江鱼类名录 265
附表2 长江主要经济甲壳动物名录 286
附表3 长江流域浮游植物名录 289
附表4 长江流域浮游动物名录 323
附表5 长江流域底栖动物名录 344