依据《病原微生物实验室生物安全管理条例》（国务院424号令）的规定，国家根据病原微生物的传染性、感染后对个体或者群体的危害程度，将病原微生物分为四类。本资源目录收录的是目前国家病原微生物资源库保藏的危害程度分类为三类的病原微生物。资源目录内容包括细菌、病毒、真菌三大类，细菌目录内容包含了细菌的保藏编号，中文名称，外文名称，分类学地位，生物危害程度分类，分离时间，分离地址，分离基物，致病名称等；病毒目录包含了病毒的中文名称，英文或拉丁文名称，生物危害程度分类，保藏编号，分类学地位，自然宿主以及联系方式等内容；真菌目录内容包含了真菌的中文名称，英文或拉丁文名称，生物危害程度分类，保藏编号，来源历史，分离基物，分离时间，分离地点，致病对象等内容。

第一部分 细菌
一、不动杆菌属
二、芽孢杆菌属
三、鲍特菌属
四、衣原体属
五、梭菌属
六、克雷伯菌属
七、肠杆菌属
八、嗜血杆菌属
九、军团菌属
十、钩端螺旋体属
十一、李斯特菌属
十二、摩根菌属
十三、支原体属
十四、奈瑟菌属
十五、埃希菌属
十六、变形杆菌属
十七、假单胞菌属
十八、沙门菌属
十九、沙雷菌属
二十、葡萄球菌属
二十一、链球菌属
二十二、弧菌属
二十三、耶尔森菌属
二十四、克罗诺杆菌属
二十五、柠檬酸杆菌属
二十六、伯克霍尔德菌属
二十七、肠球菌属
二十八、棒杆菌属
二十九、泛菌属
三十、寡养单胞菌属
三十一、鞘氨醇单胞菌属
三十二、表皮杆状菌属
三十三、考克菌属
三十四、地芽孢杆菌属
三十五、类芽孢杆菌属
三十六、玫瑰单胞菌属
三十七、皮生球菌属
三十八、普里斯特菌属
三十九、乳杆菌属
四十、乳植杆菌属
四十一、乳酪杆菌属
四十二、双歧杆菌属
第二部分 真菌
一、假禾谷镰刀菌
二、斯洛菲马拉色菌
三、珀克斯芽生菌
四、阿萨希毛孢子菌
五、巴斯德新埃蒙斯菌
六、巴西奴卡菌
七、白念珠菌
八、孢子丝菌
九、串珠镰刀菌
十、淡紫紫孢霉
十一、耳念珠菌
十二、东南亚念珠菌
十三、断发毛癣菌
十四、光滑念珠菌（耐药）
十五、黑曲霉
十六、横梗霉
十七、红色毛癣菌
十八、迟缓曲霉
十九、黄曲霉
二十、棘状外瓶霉
二十一、季也蒙念珠菌
二十二、尖孢镰刀菌
二十三、近平滑念珠菌
二十四、卡氏枝孢瓶霉
二十五、镰刀菌
二十六、链格孢菌
二十七、轮枝镰刀菌
二十八、马尔尼菲篮状菌
二十九、米根霉
三十、莫诺法着色霉
三十一、耐盐枝孢霉
三十二、欧洲瓶霉
三十三、茄病镰刀菌
三十四、球形马拉色菌
三十五、犬小孢子菌
三十六、申克孢子丝菌
三十七、石膏样奈尼兹菌
三十八、土曲霉
三十九、威克汉姆酵母
四十、限制马拉色菌
四十一、小孢子菌
四十二、小型无绿藻
四十三、新生隐球菌
四十四、须毛癣菌
四十五、絮状表皮癣菌
四十六、烟曲霉
四十七、印度毛癣菌
四十八、真皮皮肤新毛孢子菌
四十九、甄氏外瓶霉
五十、枝孢样枝孢霉
五十一、趾间毛癣菌
五十二、总状毛霉
五十三、冻土毛霉
五十四、米帚枝霉
五十五、吉利帚枝霉
五十六、局限厚垣孢
五十七、粉红单端孢
五十八、橙色红曲菌
五十九、红色红曲菌
六十、紫色红曲菌
六十一、暗孢节菱孢
六十二、粉红黏帚霉
六十三、纯黄毛霉
六十四、不规则毛霉
六十五、卷枝毛霉
六十六、暗色毛盘孢
六十七、可可双毛孢
六十八、米麦轴霉
六十九、雅致节壶菌
七十、大毛霉
七十一、日内瓦毛霉
七十二、双相伞型霉
七十三、黄孢原毛平革菌
七十四、地生半乳糖霉
七十五、布拉克须霉
七十六、罗萨梯新龟甲形菌
七十七、小孢根霉
七十八、多分枝横梗霉
七十九、奥纳塔横梗霉
八十、布拉克小克银汉霉
八十一、槭菌刺孢
八十二、斜卧青霉
八十三、灰马杜拉
八十四、椭圆瓶霉
八十五、波氏赛多孢
八十六、尖端赛多孢
八十七、多育节荚孢霉
八十八、迪胡赛多孢
第三部分 病毒
一、流行性感冒病毒
二、肠道病毒
三、柯萨奇病毒
四、埃可病毒
五、麻疹病毒
六、鼻病毒
七、肠道病毒
八、腺病毒
九、呼吸道合胞病毒
十、冠状病毒（低致病性）
十一、副流感病毒