《淮军史》是樊百川的主要著作，是他长期研究洋务新政，整理近代工业、经济史料及相关人物文集、书札、日记等资料产生的学术成果。作者基于丰富的一手史料，并以其深厚的学术功力加以辨析梳理，以李鸿章的起家、际遇及其事业之发展为枢纽，铺陈叙述了淮军的创建经营、发展坐大，内生出兵归帅有的专将制度，从团练之偏师成应时因势代替湘军并建立成全国最庞大的勇营军事集团，截用大部分勇营军饷的历史过程，同时兼论清廷政治、人事动荡，社会变迁的历史环境，也清晰论述了后来淮军将领集团在与荣禄武卫军集团争夺清末新军控制权中最终胜利，而后来北洋军阀割据中淮军养而不战的发展策略的军事遗产等。本书可谓淮军研究专著中的翘楚。