本书以系统生物学的研究工具、研究对象和发酵工程应用为主线，介绍了系统生物学在发酵工程应用过程中涉及的多尺度组学挖掘、生物网络模型构建与优化、细胞生理功能解析、代谢调控机制研究等多种关键技术，在此基础上总结了近年来国内外系统生物学在微生物领域中的典型研究进展，从而为相关科研人员提供分析和解决问题的思路和方法。本书共包括九章，第一章对系统生物学的发展及其在发酵工程中的应用进行简要概述；第二章、第三章全面介绍目前国内外最新的系统生物学资源库和研究工具、生物网络的分类、网络模型的构建与评估技术；第四章至第九章详细介绍了系统生物学在发酵工程中的应用，涉及维生素C、燃料乙醇、丙酮酸、益生菌、白酒和外源蛋白等多种发酵产品。

第一章 绪论
第一节 系统生物学的发展概况
一、系统生物学的产生和发展
二、系统生物学的研究内容和方法
三、系统生物学的实践
第二节 系统生物学在发酵工程中的应用与发展趋势
一、工业系统生物学与系统代谢工程
二、工业系统生物学的应用
三、工业系统生物学的发展趋势
参考文献
第二章 系统生物学资源库和研究工具
第一节 综合性组学数据库
一、美国国家生物技术信息中心
二、欧洲生物信息研究所数据库
三、日本DNA数据库
四、中国国家基因库
第二节 生物途径网络数据库
一、综合性代谢途径数据库
二、转录调控途径数据库
三、细胞信号通路数据库
第三节 蛋白质结构与相互作用数据库
一、蛋白质结构数据库
二、蛋白与蛋白相互作用数据库
第四节 生物系统建模和模拟工具
一、系统生物模型标记语言和图注
二、系统生物网络模型类型
三、生物网络模拟编辑工具
四、Cytoscape数据整合及网络显示平台软件
参考文献
第三章 重要发酵工业微生物的全基因组规模网络模型的构建与应用
第一节 基因组规模生物网络概述
一、基于组学大数据构建基因组规模生化模型
二、基因组规模生物网络模型解析微生物生理特性
三、基于基因组规模生物网络发展菌种生产性能优化策略
第二节 基因组规模代谢网络模型
一、基因组规模代谢网络模型的进展
二、基因组规模代谢网络模型的构建
三、基因组规模代谢网络数据库平台
第三节 基因组规模辅因子网络模型的构建
一、基因组规模辅因子网络模型icmNX6434的构建
二、基于模型icmNX6434解析辅因子代谢途径
三、基于模型icmNX6434解析工业微生物生产发酵特性
第四节 基因组规模转录调控网络模型的构建
一、转录调控网络的数学表述
二、转录调控网络的构建方法
第五节 蛋白质互作网络模型的构建
一、蛋白质和蛋白质相互作用
二、蛋白质和小分子相互作用
第六节 基因组酶约束互作网络模型的构建
一、基因组规模酶约束模型研究进展
二、大肠杆菌酶约束模型ec_iML1515的构建
第七节 微生物全细胞模型
一、微生物全细胞模型研究进展
二、酿酒酵母全细胞模型
参考文献
第四章 系统生物学在维生素C发酵中的应用
第一节 维生素C生产菌株基因组学研究
一、普通生酮基古龙酸菌的全基因组测序和功能基因分析
二、巨大芽孢杆菌的全基因组测序和分析
第二节 K.vulgare基因组规模代谢网络模型的构建与应用
一、K.vulgare基因组规模代谢网络模型的构建和基本特征
二、基于模型iWZ663对K.vulgare的生理性能分析
三、基于模型iWZ663解析K.vulgare合成2-酮基-L-古龙酸
第三节 巨大芽孢杆菌基因组规模代谢网络模型的构建与应用
一、巨大芽孢杆菌基因组规模代谢网络模型的构建和基本特征
二、基于模型iMZ1055对巨大芽孢杆菌生理特性的解析
第四节 两菌代谢互作网络模型的构建与应用
一、基于已有组学数据对两菌关系的解析
二、两菌代谢互作网络模型iWZ-KV-663-BM-1055的构建
三、基于iWZ-KV-663-BM-1055解析两菌相互作用
第五节 基于GSMMs优化营养供给提高维生素C生产效率
一、基于GSMMs确定K.vulgare的最小合成培养基
二、基于K.vulgare生长营养谱优化维生素C生产
三、基于GSMMs评价山梨糖对B.megaterium裂解形成芽孢的影响
参考文献
第五章 系统生物学在燃料乙醇发酵中的应用
第一节 单双倍体酵母对乙醇耐受性的组学研究
一、单双倍体酵母细胞对乙醇响应的转录组学分析
二、单双倍体酵母细胞对乙醇响应的代谢物组学分析
三、单双倍体酵母细胞对乙醇响应的蛋白组学分析
四、单双倍体酵母细胞对乙醇响应的比较脂组学研究
第二节 酿酒酵母对糠醛和乙酸?响应转录组学研究
一、酿酒酵母对糠醛的转录组水平响应
二、酿酒酵母耐受菌对糠醛的转录组水平响应
三、酿酒酵母对乙酸的转录组水平响应
四、酿酒酵母耐受菌对乙酸的转录组水平响应
第三节 糠醛和苯酚对酿酒酵母的作用定量蛋白质组学
一、酿酒酵母及糠醛耐受菌株的比较蛋白质组学研究
二、酿酒酵母及苯酚耐受菌株的比较蛋白质组学研究
第四节 乙醇发酵过程中的比较脂组学研究
一、酿酒酵母普通菌株和木糖利用菌在不同培养基中的发酵情况
二、膜上磷脂的变化与酵母菌株乙醇发酵的关系
参考文献
第六章 系统代谢工程在丙酮酸发酵生产中的应用
第一节 光滑球拟酵母全基因组解析
一、丙酮酸工业菌株光滑球拟酵母全基因组测序
二、光滑球拟酵母基因组规模代谢模型的构建和基本特征
三、基于全基因组代谢模型解析光滑球拟酵母高产丙酮酸的生产性能
第二节 光滑球拟酵母生产丙酮酸中NA