第1章 评估新药靶点的化学策略
1.1 引言
1.2 化学基因组化合物和化学探针的使用和研究案例
1.2.1 化学基因组学库
1.2.2 无活性对照
1.2.3 生物靶点组的使用和分析
1.3 化学探针的开发
1.3.1 从BIX01294至EPZ035544：G9a/GLP抑制剂的开发和优化
1.3.2 BRD9抑制剂的开发
1.4 基于患者来源细胞的化合物靶点评估
1.4.1 基于化合物的靶点评估
1.4.2 患者来源的细胞测试
1.4.3 靶点评估的方法
1.4.4 案例：炎性肠病组织平台
1.5 总结与展望
参考文献
第2章 基于亲和力的化学蛋白质组学靶点识别
2.1 引言
2.2 分子表型作用机制的阐明
2.3 蛋白质检测读出的定量高分辨率质谱法
2.4 基于裂解物亲和性的化学蛋白质组学
2.4.1 亲和探针的设计
2.4.2 常规实验的下拉工作流程
2.4.3 限制
2.5 基于细胞内光亲和力的化学蛋白质组学
2.5.1 PAL探针的设计
2.5.2 常规实验工作流程
2.5.3 限制
2.6 靶点确证和作用方式
2.7 总结
参考文献
第3章 化学蛋白质组学技术
3.1 引言
3.2 基于活性的探针和基于亲和力的探针设计
3.2.1 活性部分（反应基团）
3.2.2 报告标签
3.2.3 连接臂
3.2.4 生物正交化学
3.3 化学蛋白质组学工作流程
3.3.1 质谱定量蛋白质组学
3.4 ABPP应用及案例研究
3.4.1 案例研究1：基于活性的蛋白质分析是一种嗜极古菌中酶鉴定和筛选的强大方法
3.4.2 案例研究2：脂肪酸酰胺水解酶抑制剂的临床试验失败
3.4.3 案例研究3：小分子抑制剂的靶点识别
3.4.4 案例研究4：光亲和标记辅助的基于片段的配体发现
3.4.5 案例研究5：基于猝灭荧光活性的探针（qABP）设计及其在蛋白质定位中的应用
3.5 总结
参考文献
第4章 激酶微球：一种用于激酶抑制剂选择性表征和靶点发现的化学蛋白质组学方法
4.1 化学蛋白质组学在激酶抑制剂靶点解析中的应用
4.1.1 小分子激酶抑制剂的多靶点效应
4.1.2 激酶抑制剂的化学蛋白质组学分析
4.1.3 化学蛋白质组学实验开发的技巧和建议
4.2 Kinobeads的详细实验方案
4.2.1 细胞或组织裂解液
4.2.2 亲和基质
4.2.3 Kinobeads竞争性实验
4.2.4 质谱检测
4.2.5 多肽及蛋白质的鉴定与定量
4.2.6 数据分析
4.3 Kinobeads的应用案例
4.3.1 Kinobeads靶点覆盖面的扩展
4.3.2 小分子激酶抑制剂的靶点解析
4.3.3 抑制剂多靶点效应的机遇：药物再定位
4.3.4 化学蛋白质组学导向的药物化学
4.4 Kinobeads、抑制剂和药物发现：路在何方？
4.4.1 什么是好的药物？
4.4.2 如何在未来发现新药？
4.4.3 化学蛋白质组学导向的药物发现的阴阳机制
参考文献
第5章 用于靶点发现和确证的非标记技术
5.1 引言
5.2 CETSA技术的研究
5.3 细胞热转移分析的设计
5.3.1 经典的细胞热转移分析
5.3.2 细胞热转移分析的高通量筛选
5.3.3 细胞热转移分析的质谱分析
5.4 靶点发现
5.4.1 活性苗头化合物的生成
5.4.2 工具生成（用于识别工具化合物的小型筛选）
5.4.3 范围内外和困难的靶点
5.4.4 聚焦或迭代库的筛选
5.4.5 片段库筛选
5.4.6 苗头化合物的确认
5.4.7 基于表型苗头化合物去卷积化的靶点发现
5.5 靶点确证
5.5.1 结合模式
5.5.2 选择性、特异性和安全性
5.5.3 从实验到临床（基于动物实验）
5.6 总结
参考文献
第6章 支持高效药物靶点选择和分层医学的逆向翻译
6.1 引言
6.2 药物发现中的遗传学
6.3 靶点发现的遗传学策略
6.3.1 全基因组关联分析研究
6.3.2 罕见病遗传学
6.3.3 体细胞突变
6.3.4 分析方法
6.4 功能确证
6.4.1 假定突变的优先级
6.4.2 确定突变的功能结果
6.4.3 可成药性：从基因确证到可药用靶点
6.5 前瞻性展望
6.5.1 疾病的分子分类学
6.5.2 精准医疗
6.5.3 数据整合
6.6 总结
参考文献
第7章 基于人体细胞模型系统的靶点生物学和药物作用机制
7.1 引言
7.2 人体细胞模型开发的研究进展
7.2.1 第二代测序
7.2.2 CRISPR基因组编辑
7.2.3 诱导多能干细胞生物学
7.2.4 3D细胞和类器官模型
7.2.5 微流控和器官芯片设备
7.2.6 活体成像
7.2.7 高内涵成像
7.3 靶点生物学和药物作用机制的多参数高内涵表型鉴定
7.3.1 功能基因组学中的高内涵细胞成像
7.3.2 多参数高内涵成像与化学信息学的结合
7.3.3 多参数高内涵分析指导化学设计和靶点选择性
7.4 用于表型筛选和作用机制测试的靶点注释化合物库
7.5 跨越新模型系统的
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