第一篇 活性氧相关理论与国内外研究概述
第一章 活性氧及其稳态
第一节 活性氧
一、活性氧的概念
二、活性氧产生的位置
三、活性氧的功能
四、活性氧过量产生的胁迫条件
五、活性氧的氧化损伤
第二节 活性氧稳态调控
一、活性氧是一把“双刃剑”
二、非酶促系统
三、酶促系统
第二章 CⅢ类过氧化物酶
第一节 CⅢ类过氧化物酶的酶促循环
第二节 CⅢ类过氧化物酶的功能多样性
一、CⅢ类过氧化物酶参与细胞壁木质化
二、CⅢ类过氧化物酶参与植物非生物胁迫响应
三、CⅢ类过氧化物酶参与植物生物胁迫响应
第二篇 氧化还原酶数据库与多基因家族注释
第三章 氧化还原酶数据库
第一节 CⅢ类过氧化物酶数据库
一、CⅢ类过氧化物酶数据库PeroxiBase
二、过氧化物酶数据库
三、过氧化物酶家族分类工具PeroxiScan
第二节 过氧化物酶进化分析数据库
一、过氧化物酶数据库的升级概述
二、多参数检索
三、多基因家族半自动注释
四、基因家族分类工具：新PeroxiScan
五、进化分析的新工具：PhyML
六、基因结构分析的可视化工具：GECA
七、新数据类型和展示方式
八、更多的数据量
九、新PeroxiBase的工作流程
十、数据库的基本功能：BrowsetheDatabase
第三节 RedOxiBase：活性氧稳态调节蛋白质数据库
一、RedOxiBase概述
二、新的交互界面
三、进化分析的新工具：Orthogroup
四、比较基因组学的新工具：Circos和Chromodraw
五、蛋白质表达分析工具：ExpressWeb
第四章 氧化还原酶多基因家族注释
第一节 基因家族自动注释：问题和解决方案
一、核酸测序和组装
二、基因注释的热潮
三、基因组注释的方法与步骤
四、基因组注释偏差
五、改进基因组自动注释偏差的方法
第二节 氧化还原酶家族专属注释流程
一、氧化还原酶自动注释错误率高
二、氧化还原酶自动注释常见错误
三、氧化还原酶家族注释的专用流程
第三篇 氧化还原酶的起源与进化
第五章 氧化还原酶的起源
第一节 非动物过氧化物酶的起源
一、非动物过氧化物酶
二、非动物过氧化物酶有保守的3D结构
三、CⅢPrx起源的基因结构证据
第二节 非动物过氧化物酶的基因剂量进化
一、数据来源和过氧化物酶注释
二、非动物过氧化物酶具有特定的分类学分布
第三节 非动物过氧化物酶的蛋白剂量进化
一、生物体的培养和收集
二、APX、CcP和CⅢ过氧化物酶的活性测定
三、CⅢ过氧化物酶在陆生植物中的活性高于藻类
第四节 植物过氧化物酶的起源和进化模型
第六章 氧化还原酶基因的获得与丢失
第一节 数据来源和基因注释
一、数据来源
二、氧化还原酶的注释流程
三、注释结果
四、实验检测是必要且有效检测“遗漏”基因的步骤
第二节 四个桉树物种中的11个ROS调控家族的比较
一、进化过程中的基因得失事件
二、氧化还原酶基因家族的表达谱
三、四个桉树物种的分化
第七章 过氧化物酶基因的复制与“热点”
第一节 氧化还原酶的系统发育和染色体定位
一、氧化还原酶的系统发育分析
二、氧化还原酶基因的染色体定位和“热点”现象
第二节 氧化还原酶基因家族的保守性
一、氧化还原酶基因家族具有不同的保守性
二、大小变异的家族包含基因复制事件
三、重复的基因具有不同的表达谱
第八章 植物CⅢPrx的基因结构进化
第一节 植物CⅢPrx基因结构鉴定
第二节 CⅢPrx家族的结构差异
一、CⅢPrx的内含子类型
二、低等植物CⅢPrx基因结构
三、CⅢPrx的多种基因结构类型
第三节 单、双子叶植物CⅢPrx基因结构分化
一、内含子频率差异
二、内含子数量差异
三、内含子大小差异
第四节 CⅢPrx基因结构进化
一、CⅢPrx的经典内含子经历了内含子丢失事件
二、CⅢPrx的稀有内含子经历了内含子增益事件
三、CⅢPrx基因祖先结构和进化模型
第九章 CⅢPrx的蛋白质结构进化
第一节 CⅢPrx的二硫键结构进化
一、CⅢPrx的二硫键结构
二、CⅢPrx的二硫键缺失
第二节 CⅢPrx的保守基序进化
第四篇 ROS调控蛋白与植物抗病相关性研究
第十章 CⅢPrx家族与植物抗病相关性
第一节 柑橘CⅢPrx家族鉴定
一、柑橘CⅢPrx家族的鉴定流程
二、柑橘CⅢPrx家族
第二节 柑橘CⅢPrx家族的生物信息学分析
一、柑橘CⅢPrx家族的系统发育分析
二、柑橘CⅢPrx家族的基因
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