全书首先对微生物是什么进行了全面、科学的解释，消除公众的认知盲区，后在回顾人类历史上若干次微生物灾害的历史上，对微生物灾害的触发因素给予科学解释，对微生物的正面与负面作用进行客观介绍，由此提出人类应从微生物灾害中获得的警告与启示。启示主要包括两方面，一是由微生物在生命演化史上的作用和在人类发展史上制造的重大事件，反映人类与病原微生物战斗的艰辛，从而提炼人类无畏不屈的精神；二是提示当今人类面临的病毒和有害细菌侵害的种种潜在危机，强调人类面对病原微生物危害时，需要广泛汲取智慧，同时要不断创新科技，更要全球合作。

前言
Ⅰ 微生物灾害警钟长鸣
一 21世纪人类遭遇的微生物灾害
二 在应对微生物灾害中展现出的人类精神
1.锁住病毒的英雄
2.战胜细菌疫情的人类精神
三 科学研究任重道远
1.轻视传染病付出高昂代价
2.破解病毒关山重重
Ⅱ 病原微生物的历史档案
一 病原微生物“领衔”生物灾害
1.生物灾害的种类
2.病原微生物引起传染病
二 微生物“扮演”的历史角色
1.病毒的前世今生
2.细菌的前世今生
3.地质史上的微生物
三 病原微生物制造的重大瘟疫
1.世界著名瘟疫
2.有记载的我国历史上重大瘟疫
Ⅲ 触发微生物灾害的因素
一 自然界不寻常的变化
1.气候变暖使万年冰层中某些微生物复活
2.地质灾害引发次生微生物灾害
3.极端气候加速病原微生物传播
4.厄尔尼诺现象与人类疾病
二 人类不当的活动
1.向自然肆意索取
2.对环境任意糟蹋
3.饮食无畏放纵
三 太空投射的魔影
1.太阳黑子活动效应
2.陨石带来入侵者
IV 微生物威力另面解读
一 推动人类演化
1.助力哺乳动物胎盘的形成
2.驱动蛋白质适应性演化
3.人类基因库的重要成员
二 平衡自然生态
1.自然界的重要分解者
2.释放巨量碳的功臣
3.藻类光合作用的帮手
4.生物免疫系统的修复者
三 影响人类历史进程
1.改变世界历史
2.促进社会文明发展
3.推动公共卫生治理工作
V 微生物灾害的警示
一 折射文化的多棱镜
二 正视人与自然的关系
1.人类只是生命树上的一枝
2.人类只有走与自然协同演化之路
三 吸取人类演化的教训
1.农业革命种下病根
2.物种入侵引发更多疫情
3.工业革命影响环境
4.现代文明发展留有后遗症
四 人类当自强
1.铭记智者的警示
2.因噎废食不可取
3.改进人类行为
4.共享科研硕果
5.加强国际合作
尾语