本书即吸纳旧志之例，又参近世学术著作的撰述之体，采用考论结合方法。本志分：《方域地理志》《建置志》《沿革志》《授徒志》《管理志》《职官志》《名师志》《英才志》《著述志》，并附《应天书院大事编年》。每志编纂，采用考论结合的方法。有总述，有对文献的稽考，又有对文献真伪的考证辨析。《方域地理志》重在将应天书院的方域地理、人文底蕴进行阐述。《建置志》主要对应天府书院的初期的建置规模、以“应天府书院”为名27年间的兴废修葺进行考查。《沿革志》分为四卷，即北宋府学与南京国子监时期、金元府学时期、明代州府之学与书院复兴、清至近代书院文脉之沿续。《授徒志》《管理志》主要对书院三十余年间的授徒思想、教授内容、传授方式方法与书院运行管理制度等，分别进行探索、考证、论述。《职官志》以应天书院诞生时算起，运用列表形式，将三十余年间（府学在内）南京留守应天知府、与书院有关的幕职提举详考排纂。力求言必有据。《名师志》采用正史纪传形式，首列《先师志：戚同文传》，下以先后为序，主要是书院、府学时期的书院讲书、教授，在书院执教授徒确有史料可考，且为书院发展做出贡献的历史人物，依据史料，为之考论。每人传后，另附以正史本传或墓志墓表及相关文献资料，以明传文主要依据。《著述志》，考虑到一些异地名宦、名师，如晏殊、范仲淹、石介等，已多见前人著录，此不赘述。而此地文人著作，多为今人忽视而隐匿不彰。此志主要对北宋应天府一地的文人著述进行稽考著录，这些人或学成于应天书院，或受书院风尚影响，汇为一编，以证人文之盛。《应天书院大事编年》，采用通鉴纲目之法，以编年纪事形式，按时间顺序排纂应天书院所历大事编年而成。以纲振领，所据史料用小字详引于下，并作考证辨析。纵观全书，笔者力图做到志书编纂的资料翔实，但又不仅仅拘泥于资料的汇纂，所以更多辅以对史实的考论辨析，达到求真探实的目的，还历史以本来面貌。