全书分上中下三卷，131篇，上卷计有论述10篇，灸法3篇；中卷载病64种，计64篇；下卷载病53种，及《周身各穴》，计54篇。卷首有《序》、《奏玉帝青词》及《进医书表》各1篇，卷末有附方94首，并附《金线重楼治证》、《服金液丹各种引药》、《神治诸般风气灵膏》、《汗斑神效方》各1篇，王琦所作后记3段。《扁鹊心书》说：保命之法，灼艾第一，丹药第二，附子第三。强调顾护阳气的作用。本次校注以上海倾堂本为底本。

卷上
当明经络
须识扶阳
住世之法
大病宜灸
三世扁鹊
时医三错
忌用转下
禁戒寒凉
要知缓急
五等虚实
黄帝灸法
扁鹊灸法
附 窦材灸法计五十条
卷中
伤寒
伤寒四经见证
太阳见证
阳明见证
太阴见证
少阴见证
伤风伤寒
挟食冷物
中湿
阴毒
老人伤寒
阴阳换气
伤寒谵语
伤寒衄血
劳复
汗后大便下赤水或脓血
汗后发噫
肺伤寒
疽疮
喉痹
虚劳
中风
疠风
风狂
口眼喝斜
破伤风
洗头风
牙槽风
水肿
膨胀
暴注
休息痢
内伤
霍乱
……
卷下
神方
附
跋