小女孩玛丽虽然自幼衣食无忧，但缺少应有的陪伴和关爱，性格孤僻，脾气暴躁。—场突如其来的灾难之后，她成了孤儿，从此寄养在阴郁古怪的姑父家。古老的大庄园里，百无聊赖的玛丽很快感到厌烦，但是三更半夜传来的奇怪哭声，让她在庄园里发现了一个卧病在床的奇怪男孩；一次偶然的机会，玛丽发现了庄园里一个荒废的“秘密花园”。在一只小知更鸟的指引下，她找到了开启花园的钥匙，在好朋友迪康的帮助下，她开始“复活”花园。与此同时，孩子们的命运也开始发生转变，他们和秘密花园都迎来了新生。

第一章 一个也没剩下
第二章 玛丽小姐倔乖乖
第三章 穿过荒原
第四章 玛莎
第五章 走廊里的哭声
第六章 “是有人在哭嘛 —是真的嘛！”
第七章 花园的钥匙
第八章 引路的知更鸟
第九章 人世间最最古怪的房子
第十章 迪康
第十一章 槲鸫的窝巢
第十二章 “我能有一小片地吗？”
第十三章 “我是科林”
第十四章 一位小王爷
第十七章 大发雷霆
第十八章 “你可不能浪费时间”
第十九章 “春天来到了！”
第二十章 “我会一直 —一直活下去的！”
第二十一章 本·?韦瑟斯达夫
第二十二章 太阳西下时分
第二十三章 魔法
第二十四章 “让他们笑吧”
第二十五章 帘幕
第二十六章 “那是妈妈！”
第二十七章 在花园里