有些政治文化的传统，表面上未必会在当时直接改变历史走向，不过，它就像基因一样，终究会潜移默化地渗透到历史之中。本书从三个角度讨论中日传统政治文化的结构性差异：上篇《皇权与革命》从历史上中国不断“改朝换代”与日本所谓“万世一系”，来分析传统中日政治权力合法性来源与政治权力结构上的差异；中篇《郡县与封建》指出传统中国与日本在中央与地方关系上的差异；下篇《王权与神佛》讨论了中日两国在政教关系上的不同。

引言 “同中求异”：寻找中日传统政治文化的差异及其影响
上篇 皇权与革命：政治权力的合法性
一 皇帝和天皇：“天无二日”还是“共享天下”
二 忠诚与叛逆：政治伦理的绝对与相对
三 革命与改良：“改朝换代”还是“咸与维新”
四 “革命”还是“放伐”：一个初步讨论
中篇 郡县与封建：国家形态与社会结构
一 成为律令制国家了吗？——日本的双重体制与重层结构
二 皇权下县：中国的郡县制与科举制
三 从古代日本到近世日本：亲藩、谱代与外样
四 走向近代：封建与郡县之利弊？
下篇 王权与神佛：意识形态与宗教信仰
一 公家、武家、寺家的三足鼎立：从织田信长火烧延历寺说起
二 “皇帝即当今如来”：屈服于政治的中国宗教
三 “权门”与“方外”：中日佛教在政治文化领域的差异
四 怎样走出中世纪？——近代过程中欧洲、日本与中国宗教的位置
五 不是结论的结论：中日政治文化中的政教关系基因
附录
一 同文同种？还真不一定——读尾藤正英《日本文化的历史》
二 中世的日本、朝鲜与大明——读田中健夫《中世对外关系史》
三 传统东亚邦交中的“名”与“器”——读周一良译新井白石《折焚柴记》
四 作为思想史的政治伦理问题——读丸山真男《忠诚与反叛》
五 从古琉球史说起：国境内外与海洋亚洲——读村井章介《古琉球：海洋亚洲的辉煌王国》
六 与本书相关的日本史粗略年表
后记